| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,739,039 | T→C | 51.6% | G95G (GGT→GGC) | rpsJ → | 30S ribosomal subunit protein S10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,739,039 | 0 | T | C | 51.6% | 11.8 / 125.8 | 93 | G95G (GGT→GGC) | rpsJ | 30S ribosomal subunit protein S10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/17); new base C (21/27); total (49/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTGGTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAATGATTGGTT > minE/2738970‑2739108 | tCTGGTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGgtg < 1:3659995/71‑1 (MQ=255) tGGTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGgtg > 1:4467828/1‑69 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTa < 1:177207/69‑1 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa < 1:2658125/71‑1 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa > 1:1715905/1‑71 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa > 1:865506/1‑71 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa < 1:3875604/71‑1 (MQ=255) gTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGa > 1:786107/1‑71 (MQ=255) ttGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGTTGCGTCTGGATCTGGCTGCCGgcgt < 1:476560/67‑1 (MQ=255) ttGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGAc > 1:2255169/1‑71 (MQ=255) tGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTa > 1:922626/1‑67 (MQ=255) tGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACg > 1:3687449/1‑71 (MQ=255) aCATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTg < 1:2869293/71‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCa < 1:2911201/71‑1 (MQ=255) tCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGa < 1:1769657/64‑1 (MQ=255) tCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGa < 1:3268929/64‑1 (MQ=255) cGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa > 1:3156643/1‑63 (MQ=255) cGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTg > 1:946525/1‑67 (MQ=255) cGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTg > 1:364701/1‑67 (MQ=255) cGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTg > 1:2868845/1‑67 (MQ=255) gTTTAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGTCTGCCGGCGTAGAc < 1:1918752/63‑1 (MQ=255) gTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTg > 1:1849324/1‑66 (MQ=255) gTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTg > 1:3868649/1‑66 (MQ=255) gTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTg > 1:4371811/1‑66 (MQ=255) gTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGAt < 1:3794815/71‑1 (MQ=255) tGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGAt > 1:2562113/1‑69 (MQ=255) gAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAg > 1:3837376/1‑71 (MQ=255) gAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGAt > 1:105281/1‑68 (MQ=255) aGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGc < 1:170087/71‑1 (MQ=255) gCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGcc > 1:3329458/1‑71 (MQ=255) gCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGcc < 1:2392868/71‑1 (MQ=255) gCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGcc > 1:500086/1‑71 (MQ=255) gCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAg < 1:3841600/69‑1 (MQ=255) ccAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCt > 1:2679233/1‑71 (MQ=255) aaCCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGgtgt > 1:3674921/1‑51 (MQ=255) aaCCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTgg < 1:4175066/71‑1 (MQ=255) aaCCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTgg > 1:3833476/1‑71 (MQ=255) cGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGa > 1:2094551/1‑51 (MQ=255) cGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTg > 1:3498059/1‑67 (MQ=255) gagaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGt > 1:2646104/1‑69 (MQ=255) gagaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTa < 1:3049143/71‑1 (MQ=255) gagaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCt < 1:2238023/65‑1 (MQ=255) gagaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGtt > 1:1413712/1‑70 (MQ=255) agaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTaa > 1:305739/1‑71 (MQ=255) gaAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAAt < 1:3387585/71‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGtt > 1:1510986/1‑67 (MQ=255) aaCCGTTGATGCTCTGATGCGTGTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAg > 1:4301732/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAg > 1:2075452/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAg > 1:63374/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAg > 1:3897453/1‑71 (MQ=255) aCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTa > 1:2116554/1‑42 (MQ=255) aCCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTa > 1:4532909/1‑42 (MQ=255) gTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTa > 1:1516295/1‑39 (MQ=255) gTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCa < 1:168180/71‑1 (MQ=255) gTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCa < 1:3372711/71‑1 (MQ=255) gATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCTGTGTa < 1:3056617/36‑1 (MQ=255) gATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTa < 1:85901/36‑1 (MQ=255) gATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAg > 1:1864504/1‑37 (MQ=255) aTGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTg < 1:2727297/70‑1 (MQ=255) aTGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTg < 1:2429039/70‑1 (MQ=255) aTGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGa < 1:1708730/71‑1 (MQ=255) tGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGt < 1:3372397/64‑1 (MQ=255) tGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGt < 1:2464409/64‑1 (MQ=255) gCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGa > 1:3670557/1‑43 (MQ=255) ctctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTg < 1:2189731/50‑1 (MQ=255) tctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCa > 1:4252495/1‑63 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGAt > 1:3088089/1‑71 (MQ=255) tGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATc < 1:4640429/55‑1 (MQ=255) aTGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTga < 1:1893120/71‑1 (MQ=255) tgagTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTATACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTga < 1:1856801/67‑1 (MQ=255) tGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCAtt < 1:2870159/60‑1 (MQ=255) gCGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGa < 1:3680974/65‑1 (MQ=255) cGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTga > 1:4566521/1‑68 (MQ=255) cGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGagag < 1:98757/71‑1 (MQ=255) cGTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTa < 1:879991/47‑1 (MQ=255) gTCTGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAgg > 1:1054499/1‑71 (MQ=255) tCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCa < 1:4079879/35‑1 (MQ=255) tCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAAt < 1:2589479/47‑1 (MQ=255) tCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGt > 1:3866760/1‑71 (MQ=255) tGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTgaga < 1:1766915/66‑1 (MQ=255) tGGATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGtt > 1:443701/1‑70 (MQ=255) gATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGa > 1:2415580/1‑70 (MQ=255) gATCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGa > 1:1577048/1‑70 (MQ=255) gATCTAGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCCATTGAGAGGTTGa > 1:4071609/1‑70 (MQ=255) aTCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTga < 1:1309303/61‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGa < 1:1286487/69‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAAc > 1:3363920/1‑70 (MQ=255) cTGGCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCTTTGAGCGATTGAGAGGTTGaaa > 1:4631855/1‑69 (MQ=255) ggCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAg > 1:4591286/1‑50 (MQ=255) gCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACa < 1:4060893/68‑1 (MQ=255) gCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACa < 1:4274847/68‑1 (MQ=255) gCTGCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAAt < 1:822549/70‑1 (MQ=255) cTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTgaga < 1:24391/57‑1 (MQ=255) gCCGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTga < 1:3327054/53‑1 (MQ=255) ccGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGt > 1:4301992/1‑57 (MQ=255) ccGGCGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAATGAtt < 1:1387198/70‑1 (MQ=255) cGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAATGATTgg > 1:320807/1‑71 (MQ=255) gtgtAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAATGATTGGtt < 1:1460182/71‑1 (MQ=255) | TCTGGTTGACATCGTTGAGCCAACCGAGAAAACCGTTGATGCTCTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTCATTGAGCGATTGAGAGGTTGAAACAATGATTGGTT > minE/2738970‑2739108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |