| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 391,050 | T→A | 5.5% | P139P (CCA→CCT) | ybdN ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 391,050 | 0 | T | A | 5.5% | 301.1 / 8.4 | 109 | P139P (CCA→CCT) | ybdN | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/52); new base A (3/3); total (54/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCATCGCCGCCGGACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGACGTA > minE/390980‑391108 | atcGCCGCCGGACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCctg > 1:1552002/1‑70 (MQ=255) tcGCCGCCGGACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCctggc > 1:4177702/1‑71 (MQ=255) gccgGACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGt > 1:1311350/1‑70 (MQ=255) ccgGACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTaa < 1:1381741/71‑1 (MQ=255) gACGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAg > 1:837243/1‑71 (MQ=255) cGTTTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAg > 1:3530021/1‑69 (MQ=255) ttttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGa > 1:4068434/1‑70 (MQ=255) ttttGTGAAAACCATTCAGCAAACTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGgaga > 1:1867742/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTaaa > 1:4416201/1‑63 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:294152/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:1626304/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:1972868/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa < 1:1763392/70‑1 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:2571448/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:2200485/1‑70 (MQ=255) ttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaa < 1:612414/70‑1 (MQ=255) ttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaa < 1:455897/70‑1 (MQ=255) ttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaa < 1:2618987/70‑1 (MQ=255) aaaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt > 1:651225/1‑69 (MQ=255) aaaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt > 1:1942881/1‑69 (MQ=255) aaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTAAg < 1:755849/71‑1 (MQ=255) aaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAgg < 1:3925017/71‑1 (MQ=255) aCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCATGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCa < 1:1454557/68‑1 (MQ=255) cATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTc < 1:4236776/71‑1 (MQ=255) ttCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTaaaa < 1:4658131/51‑1 (MQ=255) ttCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg > 1:4041303/1‑71 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg > 1:3051526/1‑69 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:815986/1‑70 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:3038976/1‑70 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt < 1:4602312/70‑1 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:3088031/71‑1 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:810540/71‑1 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:1392142/71‑1 (MQ=255) agCAAACTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGtt < 1:2994870/69‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCg < 1:3579646/66‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCg < 1:2880610/66‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGtt < 1:2914860/69‑1 (MQ=255) cAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATc < 1:2051877/71‑1 (MQ=255) cAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATc > 1:4665468/1‑71 (MQ=255) aaaCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCg < 1:2687481/71‑1 (MQ=255) aaCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaaa > 1:665236/1‑53 (MQ=255) aaCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGc < 1:1095764/71‑1 (MQ=255) aaCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGc < 1:1146919/71‑1 (MQ=255) aaCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGc < 1:331272/71‑1 (MQ=255) aCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCa > 1:1469720/1‑56 (MQ=255) aCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCa > 1:4042166/1‑71 (MQ=255) aCTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCa > 1:45172/1‑71 (MQ=255) aCTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGTTATCGCa > 1:693482/1‑71 (MQ=255) cTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAgg > 1:3241197/1‑57 (MQ=255) cTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCa > 1:3686785/1‑70 (MQ=255) cTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAAGGTCGGTTATCGCAt < 1:3317108/71‑1 (MQ=255) cTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGTTATCGCAt < 1:216659/71‑1 (MQ=255) tCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGt < 1:3146652/37‑1 (MQ=255) tCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAggat > 1:1882752/1‑56 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGc > 1:1975871/1‑41 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgcta > 1:2576764/1‑58 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCtt > 1:1043295/1‑71 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:2968578/70‑1 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:1663263/70‑1 (MQ=255) cGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCtt < 1:1252938/70‑1 (MQ=255) cGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTg > 1:1423174/1‑71 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAg < 1:3471362/40‑1 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:1480884/67‑1 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTggg < 1:865617/71‑1 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTggg < 1:4204100/71‑1 (MQ=255) aCAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:582581/1‑56 (MQ=255) aCAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:4566835/1‑56 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCGTGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTg > 1:4332263/1‑67 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaaa > 1:3625533/1‑43 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTc > 1:4599864/1‑46 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGa < 1:3138816/71‑1 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGa < 1:3371128/71‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaa < 1:3701122/41‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt < 1:1062496/44‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTc < 1:3652040/45‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCa < 1:1413390/61‑1 (MQ=255) aTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCa > 1:4599921/1‑44 (MQ=255) ttGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGtt < 1:31282/71‑1 (MQ=255) gTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTg < 1:4540138/70‑1 (MQ=255) gTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTg < 1:610269/70‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAg < 1:1486897/41‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc < 1:1085471/57‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc < 1:2688081/57‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGa < 1:910530/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |