| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 391,063 | C→G | 5.9% | C135S (TGC→TCC) | ybdN ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 391,063 | 0 | C | G | 5.9% | 350.7 / 7.8 | 118 | C135S (TGC→TCC) | ybdN | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/59); new base G (2/5); total (54/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTTTGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGACGTACCCATTCGACATCAGGTTCCCAGC > minE/390997‑391132 | ttttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGa > 1:4068434/1‑70 (MQ=255)ttttGTGAAAACCATTCAGCAAACTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGgaga > 1:1867742/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:2571448/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:2200485/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:1626304/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:294152/1‑70 (MQ=255) tttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaa > 1:1972868/1‑70 (MQ=255) ttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaa < 1:612414/70‑1 (MQ=255) ttGTGAAAACCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaa < 1:455897/70‑1 (MQ=255) aaaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt > 1:651225/1‑69 (MQ=255) aaaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt > 1:1942881/1‑69 (MQ=255) aaaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTAAg < 1:755849/71‑1 (MQ=255) aaCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAgg < 1:3925017/71‑1 (MQ=255) aCCATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCATGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCa < 1:1454557/68‑1 (MQ=255) cATTCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTc < 1:4236776/71‑1 (MQ=255) ttCGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg > 1:4041303/1‑71 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg > 1:3051526/1‑69 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:3038976/1‑70 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt < 1:4602312/70‑1 (MQ=255) cGGCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:815986/1‑70 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:3088031/71‑1 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:1392142/71‑1 (MQ=255) ggCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTa < 1:810540/71‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCg < 1:3579646/66‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCg < 1:2880610/66‑1 (MQ=255) gCAAACTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGtt < 1:2914860/69‑1 (MQ=255) cAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATc > 1:4665468/1‑71 (MQ=255) cAAACTCACGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATc < 1:2051877/71‑1 (MQ=255) 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1:3317108/71‑1 (MQ=255) cTCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAGGATCGGTTATCGCAt < 1:216659/71‑1 (MQ=255) tCACGCACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCAGGCTGGTAAAAGGAGAAAAAGTCAggat > 1:1882752/1‑56 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGc > 1:1975871/1‑41 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgcta > 1:2576764/1‑58 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCtt > 1:1043295/1‑71 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:2968578/70‑1 (MQ=255) aCGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:1663263/70‑1 (MQ=255) cGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCtt < 1:1252938/70‑1 (MQ=255) cGTACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTg > 1:1423174/1‑71 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAg < 1:3471362/40‑1 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCt < 1:1480884/67‑1 (MQ=255) tACAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTggg < 1:865617/71‑1 (MQ=255) aCAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg < 1:575006/55‑1 (MQ=255) aCAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt > 1:4566835/1‑56 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCGTGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTg > 1:4332263/1‑67 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaaa > 1:3625533/1‑43 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaa > 1:1361784/1‑42 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTc > 1:4599864/1‑46 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGa < 1:3138816/71‑1 (MQ=255) cAAATTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGa < 1:3371128/71‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGaaaa < 1:3701122/41‑1 (MQ=255) aaaTTGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGt < 1:1062496/44‑1 (MQ=255) ttGTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGtt < 1:31282/71‑1 (MQ=255) ttGATCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGt < 1:747296/51‑1 (MQ=255) gTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTg < 1:610269/70‑1 (MQ=255) gTTCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTg < 1:4540138/70‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAg < 1:1486897/41‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc < 1:1085471/57‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc < 1:2688081/57‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGa < 1:910530/70‑1 (MQ=255) ttCGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGAc > 1:3771537/1‑71 (MQ=255) cGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAg > 1:4610358/1‑39 (MQ=255) cGAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGACg < 1:1884090/70‑1 (MQ=255) gAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGACGt > 1:2623255/1‑70 (MQ=255) gAAGGTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGACGTa > 1:1833706/1‑71 (MQ=255) ggTCATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCAt > 1:4162511/1‑50 (MQ=255) gTCATGCCTGGCTGTTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc < 1:2640646/50‑1 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTAt > 1:3029681/1‑42 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc > 1:4540512/1‑48 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTgg > 1:2908612/1‑52 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTg > 1:1129313/1‑51 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGTAg > 1:1783587/1‑56 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAg > 1:4154797/1‑56 (MQ=255) cATGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATCTTGGGGAGGTTGAc > 1:4408730/1‑62 (MQ=255) aTGCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCgg > 1:642230/1‑37 (MQ=255) gCCTGGCTGGTAAAAGCAGAAAAAGTCAGGGTCGGTTATCGCATc > 1:889199/1‑45 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |