| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 580,895 | C→T | 49.3% | L311L (CTC→CTT) | clpA → | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 580,895 | 0 | C | T | 49.3% | 2.2 / 98.9 | 71 | L311L (CTC→CTT) | clpA | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/22); new base T (11/24); total (25/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGAAA > minE/580828‑580961 | ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtttc > 1:4306324/1‑70 (MQ=255)ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:2198976/1‑70 (MQ=255)ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:3680148/1‑70 (MQ=255) cATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:495691/1‑69 (MQ=255) ttATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGc > 1:1024471/1‑71 (MQ=255) ttATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGc > 1:1326223/1‑71 (MQ=255) aTCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCg < 1:3897322/70‑1 (MQ=255) aTCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCg < 1:3839955/70‑1 (MQ=255) cGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCgg > 1:3585800/1‑69 (MQ=255) cGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCgg > 1:3591050/1‑69 (MQ=255) ggTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:4583117/71‑1 (MQ=255) ggTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:1922806/71‑1 (MQ=255) gCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTaaaa > 1:440892/1‑70 (MQ=255) cGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAAt < 1:2096503/70‑1 (MQ=255) ggTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:3815423/71‑1 (MQ=255) ggTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:3458754/71‑1 (MQ=255) gCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAg < 1:3959743/56‑1 (MQ=255) cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt > 1:1255798/1‑70 (MQ=255) cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt < 1:3320106/70‑1 (MQ=255) cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGATAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTa < 1:352805/71‑1 (MQ=255) gCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAt < 1:1203662/71‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAt > 1:3525637/1‑70 (MQ=255) tCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg < 1:1013154/71‑1 (MQ=255) tCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGATAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg > 1:2825913/1‑71 (MQ=255) tggtggTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGtt > 1:2312411/1‑71 (MQ=255) ggtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc > 1:2709154/1‑71 (MQ=255) gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2097418/70‑1 (MQ=255) gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2091907/70‑1 (MQ=255) gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2459675/70‑1 (MQ=255) gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:1464761/70‑1 (MQ=255) gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2425865/70‑1 (MQ=255) tggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:1554703/70‑1 (MQ=255) ggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt < 1:4624620/59‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:4085120/49‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:1385837/71‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGAc < 1:3896118/70‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:1252437/71‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:3046061/71‑1 (MQ=255) cAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAc > 1:1606960/1‑71 (MQ=255) tCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCgt > 1:376472/1‑50 (MQ=255) tCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTAt < 1:2647746/71‑1 (MQ=255) cGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTAt > 1:3652581/1‑70 (MQ=255) aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAAt < 1:1505886/43‑1 (MQ=255) aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTc < 1:4102217/45‑1 (MQ=255) aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:1491680/59‑1 (MQ=255) aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:4698090/59‑1 (MQ=255) tGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg < 1:826200/54‑1 (MQ=255) cGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAcc < 1:289357/62‑1 (MQ=255) ggCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:1496293/42‑1 (MQ=255) tAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGtt > 1:216866/1‑69 (MQ=255) aaCCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:474565/54‑1 (MQ=255) cTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAcc < 1:3561595/54‑1 (MQ=255) tAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg < 1:726386/59‑1 (MQ=255) aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg > 1:2394305/1‑46 (MQ=255) aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACa > 1:1908496/1‑71 (MQ=255) aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACa > 1:2886139/1‑71 (MQ=255) aTCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAtt < 1:2701264/39‑1 (MQ=255) tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg < 1:3711554/56‑1 (MQ=255) tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtt < 1:2635694/71‑1 (MQ=255) tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtt < 1:4285266/71‑1 (MQ=255) cAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCa > 1:1840380/1‑62 (MQ=255) cAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:3694892/1‑71 (MQ=255) aaaCCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:1995805/1‑70 (MQ=255) aaaCCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:2456718/1‑70 (MQ=255) aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCa > 1:2919946/1‑53 (MQ=255) aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtttt > 1:4019444/1‑71 (MQ=255) aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt < 1:981260/70‑1 (MQ=255) aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt < 1:3612374/70‑1 (MQ=255) aaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTc < 1:1022223/71‑1 (MQ=255) ccGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg > 1:4441075/1‑51 (MQ=255) ccGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCga < 1:3043784/71‑1 (MQ=255) cGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgag < 1:1501783/71‑1 (MQ=255) gTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgag > 1:2071536/1‑70 (MQ=255) gCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgaga < 1:56785/68‑1 (MQ=255) gCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGaaa < 1:218590/70‑1 (MQ=255) tctcCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCg < 1:420317/63‑1 (MQ=255) | CCATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGAAA > minE/580828‑580961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |