| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 627,979 | A→G | 43.0% | K143K (AAA→AAG) | kdsB → | 3‑deoxy‑manno‑octulosonate cytidylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 627,979 | 0 | A | G | 43.0% | 28.0 / 97.8 | 79 | K143K (AAA→AAG) | kdsB | 3‑deoxy‑manno‑octulosonate cytidylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/19); new base G (21/13); total (47/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATCGT > minE/627911‑628048 | gTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGt < 1:1085117/71‑1 (MQ=255) tGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTg < 1:1623309/71‑1 (MQ=255) aTGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTtct > 1:481119/1‑71 (MQ=255) aTGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTCGTtct > 1:1555127/1‑71 (MQ=255) tGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTACCCCGAATGCGGTGAAAGTGGTtctc > 1:3438118/1‑71 (MQ=255) tGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTtctc > 1:1707587/1‑71 (MQ=255) gCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGa > 1:4589547/1‑71 (MQ=255) gCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGa > 1:186353/1‑71 (MQ=255) aCTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGc > 1:1016922/1‑71 (MQ=255) ctctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCt > 1:2654955/1‑71 (MQ=255) ctctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCt < 1:2388770/71‑1 (MQ=255) ctctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCt < 1:4168519/71‑1 (MQ=255) tctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCt > 1:1288850/1‑70 (MQ=255) tctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCt > 1:461656/1‑70 (MQ=255) tctGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTtct > 1:483419/1‑63 (MQ=255) tGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGtt > 1:2147310/1‑59 (MQ=255) tGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTg < 1:4105024/69‑1 (MQ=255) tGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTg > 1:2714825/1‑69 (MQ=255) tGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTg < 1:2985946/69‑1 (MQ=255) ggCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAg > 1:1554114/1‑71 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTTAAGGTGGTTCTCGACGCTGa < 1:1246828/68‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGa < 1:4067480/68‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAgg < 1:1107765/71‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAgg < 1:4208130/71‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAg < 1:1828517/70‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAg < 1:1818694/70‑1 (MQ=255) cGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAggg < 1:2204110/71‑1 (MQ=255) gCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGa > 1:3004737/1‑57 (MQ=255) gCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAgtgt > 1:30175/1‑68 (MQ=255) cAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCa > 1:2817940/1‑71 (MQ=255) aTCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACt > 1:1527459/1‑71 (MQ=255) tCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGt < 1:356618/43‑1 (MQ=255) tCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTg < 1:3353788/71‑1 (MQ=255) tCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAg > 1:847019/1‑42 (MQ=255) tCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTg < 1:4488498/71‑1 (MQ=255) tCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTg < 1:3075254/71‑1 (MQ=255) ccACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGa > 1:4249343/1‑51 (MQ=255) ccACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGa > 1:941635/1‑51 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGTAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGt > 1:1512201/1‑70 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGa > 1:900989/1‑50 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTa > 1:2691506/1‑71 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTa > 1:1527001/1‑71 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAg > 1:3283871/1‑40 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAg > 1:4562840/1‑40 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCt > 1:4648926/1‑54 (MQ=255) cacaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTa < 1:1061218/71‑1 (MQ=255) acaATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTAc < 1:1403299/71‑1 (MQ=255) caATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTa > 1:646819/1‑60 (MQ=255) aTGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAggg < 1:2494427/56‑1 (MQ=255) gCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTtctc > 1:2314809/1‑71 (MQ=255) gCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTtct > 1:2869378/1‑70 (MQ=255) cGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTtctct < 1:906821/71‑1 (MQ=255) cGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGAc > 1:4034812/1‑44 (MQ=255) gaagaaGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTg < 1:1156110/60‑1 (MQ=255) agaagCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTcgcg > 1:3164029/1‑71 (MQ=255) gCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGccac < 1:3027150/71‑1 (MQ=255) gCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGccac < 1:2335257/71‑1 (MQ=255) gCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGa > 1:1877821/1‑35 (MQ=255) gTTTAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGccacca > 1:3937146/1‑71 (MQ=255) tttAACCCGAATGCGGTTAAAGTGTTTCTCGACGCTGAAGGGTa > 1:4477417/1‑44 (MQ=38) tttAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCAt > 1:1155330/1‑71 (MQ=255) tttAACCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCAt > 1:2877235/1‑71 (MQ=255) tttAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTg < 1:2672855/37‑1 (MQ=255) aaCCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTc < 1:879896/70‑1 (MQ=255) aCCCGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCt < 1:1176173/71‑1 (MQ=255) cccGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCa < 1:1397576/43‑1 (MQ=255) ccGAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGccacca > 1:2975506/1‑64 (MQ=255) ccGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTg > 1:1717564/1‑71 (MQ=255) gAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACt < 1:1644941/42‑1 (MQ=255) gAATGCGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTa > 1:4420668/1‑45 (MQ=255) gAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTgg > 1:2843565/1‑70 (MQ=255) gAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTgg > 1:3418123/1‑70 (MQ=255) gAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTgg > 1:3518875/1‑70 (MQ=255) cGGTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTAc > 1:1133273/1‑41 (MQ=255) ggTGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgt < 1:2071640/70‑1 (MQ=255) ggTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtg < 1:2018996/71‑1 (MQ=255) gTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtga < 1:649597/71‑1 (MQ=255) tGAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtgat > 1:2524759/1‑71 (MQ=255) gAAGGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtgatc > 1:1528790/1‑71 (MQ=255) aaaGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTtc > 1:4242407/1‑39 (MQ=255) aaGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtgatcgt < 1:468532/71‑1 (MQ=255) aGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTtct < 1:3833618/38‑1 (MQ=255) | GTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATCGT > minE/627911‑628048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |