| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 726,129 | C→T | 5.5% | T27T (ACC→ACT) | yceD → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 726,129 | 0 | C | T | 5.5% | 220.6 / 2.3 | 72 | T27T (ACC→ACT) | yceD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/31); new base T (2/2); total (39/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
TAAAATTACCCCTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCG > minE/726059‑726198 | tAAAATTACCCCTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATAcc > 1:1672904/1‑71 (MQ=255) aCCCCTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGAt > 1:1730210/1‑70 (MQ=255) ccccTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGAt > 1:3328504/1‑69 (MQ=255) cTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGt > 1:3551482/1‑71 (MQ=255) aCTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGtt > 1:3465416/1‑69 (MQ=255) aCTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGtt > 1:3064399/1‑69 (MQ=255) tctcGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGtt > 1:4680484/1‑67 (MQ=255) ctcGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcg > 1:2927543/1‑71 (MQ=255) ctcGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcg > 1:3819081/1‑71 (MQ=255) ctcGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcg > 1:2939936/1‑71 (MQ=255) ttgATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACTCCTGATCAGGTTg < 1:242037/64‑1 (MQ=255) ttgATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACTCCTGATCAGGTTg < 1:247595/64‑1 (MQ=255) cGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcgc > 1:2625508/1‑70 (MQ=255) cGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGcgcg > 1:1075470/1‑71 (MQ=255) cGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGcgcg > 1:4269474/1‑71 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACTCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcg < 1:2043544/68‑1 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgcg < 1:1434455/68‑1 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgc > 1:485590/1‑67 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAgc > 1:2247830/1‑67 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGt > 1:1067854/1‑71 (MQ=255) gATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTT‑ATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAg > 1:2233807/1‑59 (MQ=255) aTCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAg < 1:4144344/59‑1 (MQ=255) aTCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGcgcg < 1:1379435/69‑1 (MQ=255) tCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGtt < 1:2220146/61‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGc > 1:4576850/1‑71 (MQ=255) gTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGa < 1:1939404/71‑1 (MQ=255) cGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATc > 1:64606/1‑71 (MQ=255) tACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGGTCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCg < 1:2605746/71‑1 (MQ=255) tACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATc < 1:1652202/69‑1 (MQ=255) cGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATGAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCg > 1:4522430/1‑69 (MQ=255) cGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATAAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCg > 1:1884532/1‑69 (MQ=255) gCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCg < 1:1917734/61‑1 (MQ=255) gCTCAAAAACGACTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCg < 1:69877/61‑1 (MQ=255) cTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTc < 1:878938/71‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACTCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAgt > 1:4416620/1‑71 (MQ=255) aaaaaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAAt > 1:776976/1‑60 (MQ=255) aaaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGa > 1:1006721/1‑35 (MQ=255) aaaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAgtgt > 1:1030249/1‑71 (MQ=255) aaaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAgtgt > 1:912703/1‑71 (MQ=255) aaCGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTa > 1:3525387/1‑62 (MQ=255) cGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGa < 1:3184986/71‑1 (MQ=255) ttGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATc < 1:2663571/52‑1 (MQ=255) tGATTACCAGGGTATCTATACTCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGt > 1:914157/1‑70 (MQ=255) tGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTAGCCGAATc < 1:2327680/51‑1 (MQ=255) gATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa > 1:2574515/1‑71 (MQ=255) gATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa > 1:4697579/1‑71 (MQ=255) gATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa > 1:2205795/1‑71 (MQ=255) gATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCAGAATCCGTAGTCAGTGTGGACa > 1:2802165/1‑67 (MQ=255) aTTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa < 1:1626433/70‑1 (MQ=255) aTTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa < 1:165197/70‑1 (MQ=255) ttACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCTTAGTCAgt < 1:4457434/58‑1 (MQ=255) ccAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGAtgtg < 1:846780/70‑1 (MQ=255) cAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGc < 1:2101600/38‑1 (MQ=255) ggTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGa < 1:29342/38‑1 (MQ=255) tATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGt < 1:1748881/42‑1 (MQ=255) tATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGt < 1:1867623/42‑1 (MQ=255) tATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGa > 1:1758850/1‑54 (MQ=255) tataCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTc > 1:2110407/1‑68 (MQ=255) tataCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCAt > 1:2852485/1‑71 (MQ=255) tataCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCAt > 1:2724306/1‑71 (MQ=255) ataCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAg < 1:1292064/52‑1 (MQ=255) ataCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAg < 1:2767775/52‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGa < 1:4559439/54‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGAtg > 1:153443/1‑56 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGAtg > 1:33124/1‑56 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTgg < 1:2303602/59‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGc < 1:243022/64‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTcc < 1:2030655/67‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCa < 1:278522/68‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCa < 1:1712409/68‑1 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGt > 1:3292721/1‑71 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGt > 1:3435848/1‑71 (MQ=255) taCCCCTGATCAGGTTGAGCGCGGCGCCGAATCCGt < 1:1449362/36‑1 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATGCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCg < 1:1629362/71‑1 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAg > 1:3236424/1‑40 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAg > 1:4286243/1‑40 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGa > 1:844144/1‑46 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCg < 1:3596800/71‑1 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCg < 1:2356363/71‑1 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCg < 1:3544896/71‑1 (MQ=255) ccccTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCg < 1:3618935/71‑1 (MQ=255) | TAAAATTACCCCTGACTCTCGATCCGGTTCGTACGGCTCAAAAACGCCTTGATTACCAGGGTATCTATACCCCTGATCAGGTTGAGCGCGTCGCCGAATCCGTAGTCAGTGTGGACAGTGATGTGGAATGCTCCATGTCG > minE/726059‑726198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |