| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 757,550 | G→A | 44.4% | A326T (GCA→ACA) | lolE → | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 757,550 | 0 | G | A | 44.4% | 23.0 / 76.9 | 63 | A326T (GCA→ACA) | lolE | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/8); new base A (14/14); total (41/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
CAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGAT > minE/757482‑757617 | cAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTgg > 1:3178631/1‑69 (MQ=255) ttAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGAGTGCTGGCAGGGCt > 1:654545/1‑71 (MQ=255) aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGt > 1:4622322/1‑71 (MQ=255) aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGt > 1:1898573/1‑71 (MQ=255) aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGt > 1:1376163/1‑71 (MQ=255) aaCTCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCg > 1:2836556/1‑71 (MQ=255) aaCGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCg < 1:3579240/71‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACa > 1:3362785/1‑61 (MQ=255) cGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCg < 1:832104/69‑1 (MQ=255) gCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCa < 1:2997634/71‑1 (MQ=255) gCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCa < 1:54403/71‑1 (MQ=255) gggggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGcc > 1:3509443/1‑71 (MQ=255) ggggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCt > 1:2437354/1‑71 (MQ=255) gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGc > 1:2871607/1‑68 (MQ=255) gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtg < 1:145320/71‑1 (MQ=255) gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtg < 1:2908935/71‑1 (MQ=255) cGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtgt > 1:1083128/1‑71 (MQ=255) aaaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGc < 1:2726259/47‑1 (MQ=255) aaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:4615035/1‑71 (MQ=255) aaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:3338709/1‑71 (MQ=255) aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtg > 1:4454235/1‑71 (MQ=255) aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtg < 1:2333839/71‑1 (MQ=255) aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:4024977/1‑70 (MQ=255) gATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtgt > 1:726368/1‑71 (MQ=255) aTGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt < 1:1949132/68‑1 (MQ=255) tGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:702748/1‑71 (MQ=255) ggTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGAt > 1:250695/1‑71 (MQ=255) ggTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGcc > 1:579108/1‑58 (MQ=255) tttAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtgt < 1:2593679/61‑1 (MQ=255) ttAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAt > 1:1077736/1‑71 (MQ=255) tAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtg > 1:1053336/1‑58 (MQ=255) ttCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGc > 1:1222972/1‑71 (MQ=255) ttCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGc > 1:2812192/1‑71 (MQ=255) cgcgCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAt > 1:2313847/1‑65 (MQ=255) cgcgCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCg > 1:1047004/1‑70 (MQ=255) ccATCTTTGTGTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTg < 1:3154812/71‑1 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGt > 1:468950/1‑71 (MQ=255) cTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGt > 1:3154273/1‑69 (MQ=255) cTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGCCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt > 1:1598276/1‑71 (MQ=255) tttGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTgg > 1:938075/1‑67 (MQ=255) tttGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGAt > 1:666742/1‑53 (MQ=255) tttGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt > 1:1152826/1‑70 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCa < 1:3125651/70‑1 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGGAAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:3890309/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:4638640/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:960853/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:3906145/68‑1 (MQ=255) tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:4177873/1‑69 (MQ=255) gTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:4187290/1‑68 (MQ=255) gTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:57368/1‑49 (MQ=255) gTCTGGCATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:2420596/1‑68 (MQ=255) tCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTg < 1:4388742/71‑1 (MQ=255) gTATGGTTTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGc < 1:4238977/68‑1 (MQ=255) gTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtgt < 1:4360777/42‑1 (MQ=255) gTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACt > 1:3504140/1‑66 (MQ=255) aTGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACt > 1:523950/1‑70 (MQ=255) aTGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACt > 1:3218331/1‑70 (MQ=255) tGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATc > 1:1875321/1‑46 (MQ=255) tGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACtt < 1:1836406/70‑1 (MQ=255) gATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:234383/1‑35 (MQ=255) gCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:3667055/1‑35 (MQ=255) gCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCg < 1:19021/70‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACt > 1:32005/1‑56 (MQ=255) cTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGat < 1:4260199/71‑1 (MQ=255) | CAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGAT > minE/757482‑757617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |