| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 831,492 | T→C | 45.5% | intergenic (+465/‑51) | narK → / → narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 831,492 | 0 | T | C | 45.5% | 14.6 / 117.2 | 88 | intergenic (+465/‑51) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/28); new base C (20/20); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
CATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAC > minE/831424‑831560 | cATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACAtt < 1:3248041/69‑1 (MQ=255) aTCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGc < 1:1753432/71‑1 (MQ=255) tCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCa < 1:318788/71‑1 (MQ=255) tCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:1443083/71‑1 (MQ=255) tCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCa < 1:1663804/65‑1 (MQ=255) cACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGa > 1:929257/1‑71 (MQ=255) aCTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAt > 1:3247530/1‑71 (MQ=255) aCTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAt > 1:4000560/1‑71 (MQ=255) tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:3920309/1‑62 (MQ=255) tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:4613960/1‑62 (MQ=255) tctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAtt > 1:2225964/1‑70 (MQ=255) ctTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTa > 1:2527522/1‑71 (MQ=255) ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGc < 1:2877122/58‑1 (MQ=255) ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAttt < 1:4202673/69‑1 (MQ=255) ttGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt > 1:601029/1‑71 (MQ=255) tGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTAt > 1:3972701/1‑70 (MQ=255) gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4644550/69‑1 (MQ=255) gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4628305/69‑1 (MQ=255) gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt > 1:2290051/1‑69 (MQ=255) gATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTa < 1:1676723/68‑1 (MQ=255) aTCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCag < 1:704079/71‑1 (MQ=255) tCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga < 1:3634934/71‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:4687941/64‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:348637/64‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:714667/64‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:744376/64‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAtt < 1:1948275/61‑1 (MQ=255) ttATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCa < 1:4656097/66‑1 (MQ=255) tATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATc < 1:2690109/64‑1 (MQ=255) aTCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAtt > 1:2480490/1‑59 (MQ=255) aTCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGAt > 1:3164867/1‑58 (MQ=255) tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:257554/63‑1 (MQ=255) tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGAAATGTCGATTTATCa < 1:937335/63‑1 (MQ=255) tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGAttt < 1:957983/59‑1 (MQ=255) tCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGcc < 1:843726/70‑1 (MQ=255) aaTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc < 1:919884/71‑1 (MQ=255) aaTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTAACTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc < 1:387795/71‑1 (MQ=255) aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:692846/1‑47 (MQ=255) aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCaa > 1:2335006/1‑47 (MQ=255) aTTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:3583320/60‑1 (MQ=255) ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTc < 1:3437266/50‑1 (MQ=255) ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:277174/45‑1 (MQ=255) ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCa < 1:1160373/45‑1 (MQ=255) ttCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACa < 1:4018102/70‑1 (MQ=255) tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:2266677/1‑60 (MQ=255) tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:648871/1‑60 (MQ=255) tCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAgg > 1:1950366/1‑71 (MQ=255) cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCaa > 1:4484429/1‑44 (MQ=255) cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCagag > 1:2148435/1‑60 (MQ=255) cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCagag > 1:2361002/1‑60 (MQ=255) cccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGaa > 1:1949120/1‑66 (MQ=255) ccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa < 1:4473999/56‑1 (MQ=255) ccACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCATAGGGCCGACAGGc < 1:2467682/70‑1 (MQ=255) cACGCTGTTTCAGAGCGTTTCCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTc < 1:2936601/71‑1 (MQ=255) aCGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGcc < 1:1211137/61‑1 (MQ=255) gCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATc < 1:2264349/51‑1 (MQ=255) tGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGa < 1:743380/43‑1 (MQ=255) tttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCTATTTATc < 1:1167497/47‑1 (MQ=255) ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCa > 1:3546060/1‑47 (MQ=255) ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa < 1:2062144/56‑1 (MQ=255) ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa < 1:803634/56‑1 (MQ=255) ttCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:493824/1‑69 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:1116298/1‑68 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:114305/1‑68 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCTATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGga < 1:2540146/70‑1 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:4336873/1‑48 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:387963/1‑48 (MQ=255) tCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAg > 1:3016973/1‑68 (MQ=255) cAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGAc > 1:2469102/1‑55 (MQ=255) agagCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaa < 1:2640824/71‑1 (MQ=255) agagCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAG‑AATGTCGATTTATCAGAGGGCAGACAGGCTCCCACAGGAGaaa < 1:4520531/71‑1 (MQ=255) gagCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTAt < 1:2180254/41‑1 (MQ=255) agCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGAGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaaa < 1:4065561/70‑1 (MQ=255) gCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAAc > 1:3394440/1‑71 (MQ=255) gCGTTACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAAc < 1:3126191/71‑1 (MQ=255) ttACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAgg < 1:339214/42‑1 (MQ=255) ttACCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAgg > 1:919849/1‑61 (MQ=255) aCCTTGCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCaga > 1:3353698/1‑38 (MQ=255) gCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTcca > 1:2229674/1‑48 (MQ=255) gCCCTTAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGa > 1:3099224/1‑64 (MQ=255) ccTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCg < 1:1447752/61‑1 (MQ=255) ttAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGa > 1:517494/1‑36 (MQ=255) tAAACATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGaaa > 1:2956921/1‑54 (MQ=255) aaaCATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAgg > 1:1964170/1‑48 (MQ=255) aaaCATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTa > 1:3112827/1‑64 (MQ=255) aaaCATCAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCt > 1:1070545/1‑71 (MQ=255) aaCATCAGCAATGTCGATTTATTAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTg < 1:2782556/71‑1 (MQ=255) cATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAgg < 1:3473319/35‑1 (MQ=255) aTTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAc > 1:2134214/1‑71 (MQ=255) | CATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGTTTCAGAGCGTTACCTTGCCCTTAAACATTAGCAATGTCGATTTATCAGAGGGCCGACAGGCTCCCACAGGAGAAAACCGATGAGTAAATTCCTGGAC > minE/831424‑831560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |