| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 838,839 | T→C | 53.7% | Q10R (CAA→CGA) | tpr ← | predicted protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 838,839 | 0 | T | C | 53.7% | 2.4 / 51.1 | 41 | Q10R (CAA→CGA) | tpr | predicted protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/6); new base C (13/9); total (26/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCA > minE/838769‑838905 | gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCtt > 1:1413810/1‑71 (MQ=34) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGc < 1:3735419/71‑1 (MQ=21) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa < 1:4611923/71‑1 (MQ=21) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAt < 1:1029033/68‑1 (MQ=35) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtct > 1:3649403/1‑60 (MQ=35) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:2354568/70‑1 (MQ=25) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:3018201/70‑1 (MQ=25) gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATg > 1:4595339/1‑71 (MQ=255) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg > 1:1583386/1‑71 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 1:2279883/1‑71 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCgg > 1:4664196/1‑40 (MQ=255) cGGCAACTCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa > 1:3377196/1‑52 (MQ=11) gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa < 1:3874702/71‑1 (MQ=255) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:475193/1‑70 (MQ=40) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:3254101/1‑70 (MQ=40) cAACCCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa > 1:1732551/1‑70 (MQ=255) aCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:2126899/53‑1 (MQ=35) gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtctc > 1:2414849/1‑44 (MQ=38) gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGAAGAATAtt > 1:2305471/1‑70 (MQ=255) ctctctCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt > 1:2358041/1‑70 (MQ=255) ctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCa > 1:4545080/1‑42 (MQ=255) ctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTg > 1:1824602/1‑71 (MQ=255) ctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTaa > 1:2937376/1‑68 (MQ=255) tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGc > 1:2951958/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCg > 1:485499/1‑70 (MQ=255) cTGGCGCTCGAGTCGATCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGc > 1:811865/1‑68 (MQ=255) cgcTCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCg < 1:3865142/71‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:2610914/35‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:2827602/39‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg > 1:4679019/1‑71 (MQ=255) cGAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt > 1:3635641/1‑41 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCATGGGCAGAATATTTAATTGCgg > 1:3049447/1‑61 (MQ=255) gAGTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3526958/71‑1 (MQ=255) gTCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg > 1:3822735/1‑69 (MQ=255) tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3519943/68‑1 (MQ=255) tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3355408/68‑1 (MQ=255) tCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAg < 1:1662548/71‑1 (MQ=255) tCGAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAg > 1:1417309/1‑71 (MQ=255) gAACCTCGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCg > 1:1631016/1‑61 (MQ=255) aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTc < 1:2750284/71‑1 (MQ=255) cTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCa > 1:1665085/1‑69 (MQ=255) cTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCa > 1:1659681/1‑69 (MQ=255) ttGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAttt < 1:3888961/43‑1 (MQ=38) | GCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCA > minE/838769‑838905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |