| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,011,820 | C→T | 48.3% | R416R (CGC→CGT) | rstB → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,011,820 | 0 | C | T | 48.3% | 11.1 / 121.6 | 89 | R416R (CGC→CGT) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/18); new base T (22/21); total (50/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGA > minE/1011751‑1011888 | tGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCt > 1:879254/1‑71 (MQ=255) gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGttt > 1:1589764/1‑71 (MQ=255) ctATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGtt > 1:2835948/1‑70 (MQ=255) taGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGc > 1:1186441/1‑71 (MQ=255) gCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTg > 1:361326/1‑71 (MQ=255) gCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTg > 1:2721600/1‑71 (MQ=255) ggCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:3909557/1‑71 (MQ=255) ggCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:718250/1‑71 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCg > 1:2618834/1‑69 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:2139440/1‑70 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:2720414/1‑70 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt < 1:2716564/70‑1 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:1584564/1‑70 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:3287392/1‑70 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGt > 1:1699856/1‑70 (MQ=255) aTGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGttt < 1:2724962/57‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTa < 1:1507435/58‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTa < 1:1321906/58‑1 (MQ=255) tGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATgg > 1:2649753/1‑71 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATgg > 1:2374939/1‑70 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGc > 1:2181898/1‑58 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATg > 1:40502/1‑69 (MQ=255) ggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGc > 1:1329173/1‑70 (MQ=255) gCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt < 1:2995311/71‑1 (MQ=255) cGGTACGGTTAATTGTGACACCACCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTa < 1:4395334/53‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc < 1:1409168/71‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc < 1:4293816/71‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 1:1584177/62‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc < 1:151646/71‑1 (MQ=255) tACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACa < 1:3479672/71‑1 (MQ=255) tACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt < 1:220561/67‑1 (MQ=255) aCGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACAt > 1:670350/1‑71 (MQ=255) aCGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtctc > 1:1149519/1‑44 (MQ=255) cGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt < 1:4364367/57‑1 (MQ=255) cGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGtt > 1:1307147/1‑46 (MQ=255) ggTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATcc < 1:4047723/71‑1 (MQ=255) tAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGt < 1:3900982/53‑1 (MQ=255) tAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa > 1:2391733/1‑55 (MQ=255) aTTGTGAGACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCa < 1:3356232/70‑1 (MQ=255) ttGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGc < 1:303232/56‑1 (MQ=255) ttGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAAt > 1:1958366/1‑71 (MQ=255) ttGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa < 1:2759060/60‑1 (MQ=255) ttGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTAAGGCATaa < 1:2217871/60‑1 (MQ=255) gtgACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACa > 1:179167/1‑60 (MQ=255) gtgACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCa < 1:800710/67‑1 (MQ=255) gtgACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCa < 1:2439810/67‑1 (MQ=255) gtgACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATccc > 1:4060610/1‑64 (MQ=255) tgACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa > 1:4668686/1‑71 (MQ=255) acacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTAcc > 1:1036722/1‑71 (MQ=255) acacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTAcc < 1:3222849/71‑1 (MQ=255) acacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTAc < 1:1260143/70‑1 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa > 1:998102/1‑46 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACct < 1:3153878/71‑1 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACct < 1:1921415/71‑1 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTAt > 1:317351/1‑47 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTAt > 1:4148751/1‑47 (MQ=255) acCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACctc > 1:1167449/1‑71 (MQ=255) acCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGc > 1:846317/1‑36 (MQ=255) acCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTAc > 1:3154004/1‑68 (MQ=255) ccAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACa < 1:999401/54‑1 (MQ=255) cAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCaa < 1:4280888/61‑1 (MQ=255) cAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa > 1:4630784/1‑65 (MQ=255) cAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTAc > 1:3971528/1‑66 (MQ=255) cAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg > 1:876631/1‑71 (MQ=255) cAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg > 1:616954/1‑71 (MQ=255) aGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc < 1:3762294/71‑1 (MQ=255) aGCGAACTGGGTGGTGCACGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:1195777/1‑71 (MQ=255) ggAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCt > 1:1041931/2‑71 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTTGCTGGCCGt < 1:2281459/38‑1 (MQ=38) cGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATc < 1:2119492/52‑1 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCt > 1:4047222/1‑71 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCt < 1:2759810/71‑1 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCa < 1:2536941/45‑1 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCt < 1:4608511/71‑1 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCt < 1:199018/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTTGCCGTTATGGCATAAc > 1:4093249/1‑46 (MQ=255) aCTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGac < 1:2942961/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTAACCTCTGc < 1:1337209/66‑1 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGaca > 1:3699697/1‑71 (MQ=255) tGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCg < 1:305670/50‑1 (MQ=255) tGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa > 1:3581080/1‑43 (MQ=255) tGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa > 1:3012612/1‑43 (MQ=255) ggtggtGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTa > 1:1130519/1‑71 (MQ=255) tggtgCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTAcg > 1:2570944/1‑71 (MQ=255) gtgCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCa < 1:775757/46‑1 (MQ=255) gtgCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTAcgcg < 1:474914/71‑1 (MQ=255) gCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGcc > 1:1462320/1‑57 (MQ=255) cccGTTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCAc > 1:2915673/1‑71 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCAc > 1:2642375/1‑71 (MQ=255) cGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa > 1:4539383/1‑71 (MQ=255) | TGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGA > minE/1011751‑1011888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |