| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,011,888 | A→G | 6.2% | intergenic (+14/‑62) | rstB → / → tus | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA/inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,011,888 | 0 | A | G | 6.2% | 258.0 / 7.6 | 97 | intergenic (+14/‑62) | rstB/tus | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA/inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/34); new base G (4/2); total (61/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCG > minE/1011818‑1011955 | cgtttCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa > 1:2726033/4‑71 (MQ=255)cgtttCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa < 1:1545750/68‑1 (MQ=255)cGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa > 1:4539383/1‑71 (MQ=255) tctcGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGt > 1:2777460/1‑71 (MQ=255) tcGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTc > 1:1927605/1‑70 (MQ=255) gTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAg > 1:3602433/1‑71 (MQ=255) gTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAg > 1:3968692/1‑71 (MQ=255) tttAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGt < 1:2225020/71‑1 (MQ=255) tAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTca > 1:192883/1‑71 (MQ=255) caGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCaa > 1:475100/2‑67 (MQ=255) gCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTcac < 1:811990/70‑1 (MQ=255) cTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTcacca > 1:682009/1‑71 (MQ=255) cTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTcacca > 1:3823099/1‑71 (MQ=255) gCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACg < 1:4203734/70‑1 (MQ=255) cGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACt > 1:768443/1‑71 (MQ=255) ttATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTcac < 1:1623501/62‑1 (MQ=255) tATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtgtg > 1:3340326/1‑71 (MQ=255) tATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtgtg > 1:185240/1‑71 (MQ=255) tATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTAAGCGCACGATGGTCaa > 1:4319893/1‑56 (MQ=255) aTGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa > 1:1166151/1‑48 (MQ=255) aTGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGAt > 1:254354/1‑49 (MQ=255) aTGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 1:172501/1‑55 (MQ=255) aTGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGc > 1:3982864/1‑71 (MQ=255) aTGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGc > 1:4569531/1‑71 (MQ=255) cATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGc < 1:2375065/67‑1 (MQ=255) cATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGc < 1:2216810/67‑1 (MQ=255) aTAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCtata > 1:2611694/1‑70 (MQ=255) tAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGt < 1:3506851/51‑1 (MQ=255) aaCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa > 1:620/1‑71 (MQ=255) aaCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa > 1:3135099/1‑71 (MQ=255) aCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTca > 1:4464569/1‑51 (MQ=255) aCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa > 1:369222/1‑70 (MQ=255) aCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa > 1:1241094/1‑70 (MQ=255) aCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa < 1:1380512/70‑1 (MQ=255) aCATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa > 1:4063803/1‑70 (MQ=255) cATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 1:937920/46‑1 (MQ=255) cATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 1:347264/46‑1 (MQ=255) aTCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGa > 1:2409716/1‑38 (MQ=255) cccGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAg > 1:2184092/1‑70 (MQ=255) ccGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTa > 1:1797735/1‑71 (MQ=255) ccGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTa > 1:2852909/1‑71 (MQ=255) cGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa > 1:2637493/1‑51 (MQ=255) cGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa > 1:527718/1‑51 (MQ=255) cGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAt < 1:1181111/71‑1 (MQ=255) cAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTa > 1:955793/1‑68 (MQ=255) cAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgt > 1:4674842/1‑71 (MQ=255) aTTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTa < 1:978595/66‑1 (MQ=255) tttACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTc < 1:288422/39‑1 (MQ=255) tttACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTc < 1:677232/39‑1 (MQ=255) ttACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgttgt > 1:629502/1‑70 (MQ=255) tACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCtat > 1:3262630/1‑53 (MQ=255) tACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCt > 1:4304755/1‑51 (MQ=255) tACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTaa > 1:1052132/1‑71 (MQ=255) tACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTa > 1:1989124/1‑70 (MQ=255) aCCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAAc > 1:2203901/1‑71 (MQ=255) ctGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgtt > 1:1996724/1‑62 (MQ=255) tGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATaa > 1:475352/1‑54 (MQ=255) gCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaa < 1:640885/68‑1 (MQ=255) ccTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt > 1:3081929/1‑54 (MQ=255) ccTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt > 1:1742874/1‑54 (MQ=255) ccTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaaa < 1:1552788/68‑1 (MQ=255) cTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaaaa < 1:1386062/48‑1 (MQ=255) cTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTa > 1:3865802/1‑54 (MQ=255) tGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAg > 1:2452472/1‑51 (MQ=255) tGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAg > 1:1038228/1‑51 (MQ=255) acacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGtt < 1:3765521/70‑1 (MQ=255) acacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGt < 1:3353922/69‑1 (MQ=255) acacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTa < 1:2057627/71‑1 (MQ=255) acacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTa < 1:2664716/71‑1 (MQ=255) acacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAACTATGTTGTAACTAAAGTGGt < 1:282468/69‑1 (MQ=255) cacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta > 1:2033077/1‑39 (MQ=255) cacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTaa < 1:1047095/71‑1 (MQ=255) cacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTaa < 1:2501195/71‑1 (MQ=255) cacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTaa < 1:2765456/71‑1 (MQ=255) cacTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTa < 1:2732933/70‑1 (MQ=255) tACGCGCAGGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCtat < 1:3493641/37‑1 (MQ=255) tACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAata > 1:1860552/1‑70 (MQ=255) aCGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgttg < 1:3373481/51‑1 (MQ=255) aCGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTaa > 1:3958108/1‑54 (MQ=255) aCGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat > 1:1514936/1‑70 (MQ=255) aCGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat > 1:1396465/1‑70 (MQ=255) aCGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat > 1:2506489/1‑70 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAg > 1:1068406/1‑43 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTaa > 1:2934904/1‑53 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTaa > 1:3693185/1‑53 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat < 1:2048514/69‑1 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat < 1:1770062/69‑1 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAat > 1:1536969/1‑67 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAAtatta > 1:3350105/1‑71 (MQ=255) cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAAtatta > 1:1350408/1‑71 (MQ=255) gcgcACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaa < 1:514805/36‑1 (MQ=255) gcgcACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAAtatt < 1:3311023/69‑1 (MQ=255) gcACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGATGTTGTAACTAAAGTGGt > 1:3643654/1‑60 (MQ=255) cACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGgc > 1:586882/1‑71 (MQ=255) aCGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAatat < 1:806664/64‑1 (MQ=255) cGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGgcg < 1:603467/70‑1 (MQ=255) gATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGt < 1:3351599/56‑1 (MQ=255) aTGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgt > 1:572282/1‑40 (MQ=255) aTGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgt > 1:513095/1‑40 (MQ=255) aTGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgt > 1:3406000/1‑40 (MQ=255) | CGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCG > minE/1011818‑1011955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |