| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,587,720 | A→G | 5.6% | L199L (CTA→CTG) | ptsI → | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,587,720 | 0 | A | G | 5.6% | 193.5 / 2.9 | 71 | L199L (CTA→CTG) | ptsI | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/34); new base G (2/2); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TGCTGGGTTTCATCACCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATGCCG > minE/1587650‑1587790 | tGCTGGGTTTCATCACCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTa < 1:4202960/71‑1 (MQ=255)tGCTGGGTTTCATCACCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTa > 1:1701573/1‑71 (MQ=255) tcatcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATc > 1:2752237/1‑71 (MQ=255) tcatcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATc > 1:1651603/1‑71 (MQ=255) atcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGt < 1:1589574/71‑1 (MQ=255) atcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGt > 1:955682/1‑71 (MQ=255) atcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGGTCTCTGGAACTACCTGCTATCGt < 1:4068336/71‑1 (MQ=255) tcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTg < 1:430062/71‑1 (MQ=255) tcaCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTg < 1:3004215/71‑1 (MQ=255) aCCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTggg > 1:4330934/1‑71 (MQ=255) ccGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTggg > 1:4632684/1‑70 (MQ=255) cGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTa > 1:3166314/1‑71 (MQ=255) gcgGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCgg < 1:3131076/71‑1 (MQ=255) gTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCg > 1:2887910/1‑57 (MQ=255) gCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGt > 1:4072067/1‑70 (MQ=255) gCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGt > 1:1380833/1‑70 (MQ=255) gCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGt > 1:4097786/1‑70 (MQ=255) ccGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTGCGTGCTATCGTGGGTACCgg > 1:1270412/1‑63 (MQ=255) ccGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTGCCTGCTATCGTGGGTACCgg > 1:4010789/1‑63 (MQ=255) tACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATc < 1:340681/49‑1 (MQ=255) aCTTCCCAGACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACctc > 1:980066/1‑71 (MQ=255) cTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACctct > 1:3082479/1‑71 (MQ=255) cTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACctct > 1:820727/1‑71 (MQ=255) cccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTAt < 1:3889701/43‑1 (MQ=255) cccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCtctc < 1:3578482/69‑1 (MQ=255) cccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCtctc < 1:34922/69‑1 (MQ=255) ccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCg > 1:4209774/1‑44 (MQ=255) ccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCg > 1:4103378/1‑44 (MQ=255) ccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTc > 1:20125/1‑61 (MQ=255) ccACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAgg > 1:4591900/1‑71 (MQ=255) cacaCCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCt < 1:696713/36‑1 (MQ=255) ccTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGaaa < 1:1774412/71‑1 (MQ=255) ccTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGaaa < 1:3838515/71‑1 (MQ=255) ccTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGaa > 1:3008807/1‑70 (MQ=255) ctctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTggg < 1:1336166/42‑1 (MQ=255) ctctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGt < 1:3193860/49‑1 (MQ=255) ctctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCAcc < 1:837294/58‑1 (MQ=255) tctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGt < 1:4477762/38‑1 (MQ=255) tctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCa > 1:1503845/1‑55 (MQ=255) tctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCa > 1:4687356/1‑55 (MQ=255) tctATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGaaaaa > 1:3799085/1‑71 (MQ=255) tATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAAt > 1:3958261/1‑70 (MQ=255) aTCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGt < 1:443427/35‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCtctc < 1:3851830/57‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAAt < 1:3913882/68‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAAt < 1:1835621/68‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATgac < 1:4102093/71‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATga > 1:724721/1‑70 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATga > 1:915986/1‑70 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATg < 1:3933259/69‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATg < 1:4376911/69‑1 (MQ=255) cATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTgg > 1:3955193/1‑35 (MQ=255) aTGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTggg > 1:3319814/1‑35 (MQ=255) aTGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGTTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATgacga < 1:2961907/71‑1 (MQ=255) gcgcGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACt < 1:1701893/70‑1 (MQ=255) cgcgTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGAAGACTa > 1:3265362/1‑70 (MQ=255) gcgTTCTCTGGAACTGCCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTGAGAGGTGa < 1:1909863/56‑1 (MQ=255) cgTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGaaaaa > 1:2898532/1‑59 (MQ=255) ttCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTa < 1:1029639/35‑1 (MQ=255) ttCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGa < 1:302121/71‑1 (MQ=255) tctGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCCGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACt < 1:3977225/62‑1 (MQ=255) tGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTAt > 1:1698480/1‑62 (MQ=255) tGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTg > 1:725197/1‑71 (MQ=255) gAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATga > 1:3656024/1‑53 (MQ=255) gAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTg < 1:4589611/69‑1 (MQ=255) gAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTg < 1:2333222/69‑1 (MQ=255) gAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTg < 1:2349368/69‑1 (MQ=255) aCTGCCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTGAGAGGTGa < 1:3388063/44‑1 (MQ=25) aCTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATg > 1:2305734/1‑71 (MQ=255) cTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAAt < 1:3753390/48‑1 (MQ=255) cTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATgacg < 1:1881243/52‑1 (MQ=255) tACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATGcc > 1:2258809/1‑71 (MQ=255) tACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATGc < 1:1350132/70‑1 (MQ=255) aCCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATGCCg > 1:3332123/1‑71 (MQ=255) | TGCTGGGTTTCATCACCGACGCGGGTGGCCGTACTTCCCACACCTCTATCATGGCGCGTTCTCTGGAACTACCTGCTATCGTGGGTACCGGTAGCGTCACCTCTCAGGTGAAAAATGACGACTATCTGATTCTGGATGCCG > minE/1587650‑1587790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |