| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,831,530 | A→G | 53.6% | S146G (AGC→GGC) | ygbJ → | predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,831,530 | 0 | A | G | 53.6% | 16.1 / 89.1 | 69 | S146G (AGC→GGC) | ygbJ | predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/21); new base G (17/20); total (28/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
GATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAG > minE/1831464‑1831596 | gATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGc < 1:1885668/69‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGat < 1:3787926/71‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGata < 1:3047381/71‑1 (MQ=255) tttCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAACGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCttt < 1:4666754/71‑1 (MQ=255) tCTGGTTGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGatat > 1:1966382/1‑62 (MQ=255) tCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:2840249/70‑1 (MQ=255) tCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:4301773/70‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGa < 1:3023507/70‑1 (MQ=255) tggtgCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:2270827/65‑1 (MQ=255) tggtgCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc < 1:270406/71‑1 (MQ=255) cAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGaa > 1:4382205/1‑62 (MQ=255) gTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGata < 1:423651/49‑1 (MQ=255) tAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGAGTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCAc < 1:4209819/69‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGatat > 1:1931488/1‑47 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCttt > 1:214901/1‑54 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCttt > 1:3935942/1‑54 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:4285467/71‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGa < 1:4455169/44‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAAc < 1:4228494/58‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:2034413/71‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:2374851/71‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt > 1:2901222/1‑71 (MQ=255) aaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTgg < 1:2640551/63‑1 (MQ=255) aaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTg > 1:2425352/1‑71 (MQ=255) aGCCGCTAACGGTGAAATGCCTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:869154/1‑45 (MQ=255) aGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:1400218/1‑45 (MQ=255) aGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGcc < 1:4410196/49‑1 (MQ=255) cGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:1855937/1‑42 (MQ=255) cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGc > 1:114040/1‑43 (MQ=255) cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGc > 1:759182/1‑43 (MQ=255) cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:2868112/1‑69 (MQ=255) cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:1539722/1‑69 (MQ=255) cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:365105/1‑69 (MQ=255) tAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGc < 1:2758090/57‑1 (MQ=255) aaCGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACGCGTGCTGGAAGc > 1:748799/1‑71 (MQ=255) aCGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAg < 1:133343/69‑1 (MQ=255) cGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg > 1:470738/1‑71 (MQ=255) cGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg > 1:4257610/1‑71 (MQ=255) gAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGa > 1:459165/1‑41 (MQ=255) aaTGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCg < 1:1430010/71‑1 (MQ=255) aTGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:126551/1‑43 (MQ=255) gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:255862/1‑41 (MQ=255) gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:2526572/1‑41 (MQ=255) gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGa > 1:3818047/1‑70 (MQ=255) gACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGc > 1:1257191/1‑53 (MQ=255) aCTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGa > 1:3729017/1‑39 (MQ=255) tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc < 1:225042/36‑1 (MQ=255) tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGtt < 1:3598819/71‑1 (MQ=255) tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGt < 1:47633/70‑1 (MQ=255) tCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAg < 1:652380/69‑1 (MQ=255) tCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGtt < 1:1385852/71‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTGGGGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa < 1:797068/71‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa > 1:4286461/1‑71 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa < 1:2442894/71‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTg > 1:3521413/1‑48 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGTCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:1812379/70‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGtt < 1:1760465/57‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:750516/70‑1 (MQ=255) aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:4663030/70‑1 (MQ=255) tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:2360643/69‑1 (MQ=255) tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:1829450/69‑1 (MQ=255) tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:3057031/69‑1 (MQ=255) cTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTg < 1:3760788/53‑1 (MQ=255) cTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCa < 1:3478000/71‑1 (MQ=255) ccGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg < 1:3581326/48‑1 (MQ=255) cGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCAt < 1:3070578/69‑1 (MQ=255) cGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAg > 1:661634/1‑71 (MQ=255) cGGTAGCGTTATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCg < 1:3937750/66‑1 (MQ=255) cGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCAt < 1:3097972/69‑1 (MQ=255) | GATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAG > minE/1831464‑1831596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |