| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,327,603 | T→C | 51.3% | F225S (TTT→TCT) | cpxA → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CpxR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,327,603 | 0 | T | C | 51.3% | ‑0.5 / 51.9 | 39 | F225S (TTT→TCT) | cpxA | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CpxR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/11); new base C (12/8); total (20/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAC > minE/2327534‑2327673 | aGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGttt > 1:2159344/1‑70 (MQ=255) gggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTa < 1:925084/71‑1 (MQ=255) gggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTa < 1:1970406/71‑1 (MQ=255) ggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTaa > 1:353752/1‑71 (MQ=255) aaaCTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAAc > 1:4237430/1‑70 (MQ=255) aaaCTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAAc > 1:287102/1‑70 (MQ=255) aCGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATgg > 1:1243029/1‑71 (MQ=255) aGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCAcc < 1:3036654/71‑1 (MQ=255) cccGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTc < 1:3441387/64‑1 (MQ=255) cGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTg > 1:358890/1‑71 (MQ=255) ggAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCa < 1:1808931/54‑1 (MQ=255) gAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTgg < 1:2688191/70‑1 (MQ=255) gAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:443533/71‑1 (MQ=255) gAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCAAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat > 1:578821/1‑71 (MQ=255) aaGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatg < 1:4463376/71‑1 (MQ=255) aGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTaa > 1:1055547/1‑42 (MQ=255) gCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatgat < 1:4042759/71‑1 (MQ=255) cGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATgg > 1:751291/1‑48 (MQ=255) ggggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:3574501/1‑71 (MQ=255) ggggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:3322693/1‑71 (MQ=255) gggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACcgcg < 1:230257/54‑1 (MQ=255) ggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:2497844/1‑69 (MQ=255) ggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:4115977/1‑69 (MQ=255) cacaGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:2020975/61‑1 (MQ=255) aGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:4448006/1‑63 (MQ=255) ggAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCa < 1:296943/56‑1 (MQ=255) ggAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCa > 1:43430/1‑56 (MQ=255) ttCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatgatg < 1:628630/57‑1 (MQ=255) ttCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatg < 1:3865360/54‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACctct < 1:2943619/61‑1 (MQ=255) cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatga > 1:95892/1‑52 (MQ=255) cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCt < 1:1532240/71‑1 (MQ=255) cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCt < 1:1057203/71‑1 (MQ=255) gCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCt > 1:2567459/1‑71 (MQ=255) ccGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCtt > 1:1804069/1‑71 (MQ=255) cAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCt > 1:3057071/1‑71 (MQ=255) cAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCt > 1:1358399/1‑71 (MQ=255) gTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGa > 1:3677282/1‑70 (MQ=255) gTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:1304845/40‑1 (MQ=255) tGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:4179928/39‑1 (MQ=255) ttAACCAGATGGTCACCGCGCTTGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCa < 1:422732/70‑1 (MQ=255) ttAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAc > 1:2853470/1‑71 (MQ=255) | AGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAC > minE/2327534‑2327673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |