| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,512,673 | A→T | 54.6% | intergenic (‑144/‑136) | yicE ← / → gltS | predicted transporter/glutamate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,512,673 | 0 | A | T | 54.6% | 22.4 / 120.0 | 86 | intergenic (‑144/‑136) | yicE/gltS | predicted transporter/glutamate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/17); new base T (20/27); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CATCTAAATATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCATAGTTCAT > minE/2512604‑2512742 | cATCTAAATATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATGACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCa > 1:1648735/1‑70 (MQ=255) tAAATATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCa > 1:4586935/1‑71 (MQ=255) aaaTATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCAt > 1:3853005/1‑71 (MQ=255) aaTATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCAtt < 1:1611543/71‑1 (MQ=255) aaTATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCAtt < 1:2711248/71‑1 (MQ=255) tatTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTg < 1:3321074/71‑1 (MQ=255) tttAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGtt < 1:4456433/71‑1 (MQ=255) tAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCa > 1:1199697/1‑71 (MQ=255) aaaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCa > 1:1615959/1‑57 (MQ=255) aaaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCa < 1:2160543/70‑1 (MQ=255) aaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCAtt < 1:494709/71‑1 (MQ=255) aaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCAt < 1:4316461/70‑1 (MQ=255) aaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCAtt < 1:2684152/71‑1 (MQ=255) aaTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCAt < 1:2745897/70‑1 (MQ=255) aTGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCAtt > 1:4592892/1‑70 (MQ=255) tGAGATAAATGCACTTTTTTATATGACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTaa > 1:3042049/1‑71 (MQ=255) gagaTAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTaa > 1:3909544/1‑70 (MQ=255) agaTAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAAc < 1:2163015/70‑1 (MQ=255) gaTAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAg > 1:591434/1‑71 (MQ=255) tGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTATAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTgaga < 1:1625002/71‑1 (MQ=255) tGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTgag > 1:815581/1‑70 (MQ=255) cACTTTTTTATATGACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCAtt > 1:252896/1‑50 (MQ=255) cACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAAt > 1:3208040/1‑71 (MQ=255) cACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGaa < 1:2835097/70‑1 (MQ=255) ttttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGtt < 1:3649302/51‑1 (MQ=255) ttttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTc < 1:931426/52‑1 (MQ=255) tttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCa > 1:1459446/1‑52 (MQ=255) tttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCAtt < 1:1134734/54‑1 (MQ=255) tttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCAtt < 1:3542465/54‑1 (MQ=255) tttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTc < 1:3600564/51‑1 (MQ=255) tttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGACATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGa > 1:3517959/1‑71 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCa > 1:832550/1‑38 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCa > 1:1359229/1‑38 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCa > 1:1088961/1‑51 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAg > 1:4350981/1‑58 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAc > 1:3673789/1‑71 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAc > 1:2205001/1‑71 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAc > 1:4337450/1‑71 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTga > 1:3484497/1‑62 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAc > 1:4491418/1‑71 (MQ=255) ttttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAc > 1:1381527/1‑71 (MQ=255) tttATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGAcc > 1:4034309/1‑71 (MQ=255) tataACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAAttt < 1:3783030/63‑1 (MQ=255) ataACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGtt < 1:2335794/43‑1 (MQ=255) ataACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAgg > 1:3072732/1‑70 (MQ=255) taACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAACTCCATGCCAtt < 1:791109/38‑1 (MQ=255) taACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGaa < 1:2177782/71‑1 (MQ=255) taACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGa < 1:2692330/70‑1 (MQ=255) aaCTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCa > 1:1861415/1‑43 (MQ=255) aaCTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGa > 1:4193953/1‑69 (MQ=255) aaCTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCAAGGa > 1:1150668/1‑69 (MQ=255) aaCTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGtt < 1:2265922/41‑1 (MQ=255) aCTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAg > 1:2747531/1‑71 (MQ=255) cTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAg > 1:176121/1‑70 (MQ=255) cTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGc < 1:1347091/71‑1 (MQ=255) ttGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTga > 1:1102865/1‑49 (MQ=255) ttGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCAt < 1:506715/70‑1 (MQ=255) tGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATa < 1:3416297/70‑1 (MQ=255) gTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAAc < 1:1459493/70‑1 (MQ=255) gTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAAc < 1:653431/70‑1 (MQ=255) gTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACt < 1:4170653/71‑1 (MQ=255) tATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTc < 1:1934904/71‑1 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTgag < 1:3110295/44‑1 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGa < 1:3930711/71‑1 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGa < 1:486603/71‑1 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGaa > 1:4586303/1‑46 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGaa > 1:3583725/1‑46 (MQ=255) tttttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCa > 1:386110/1‑55 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAAt > 1:3362777/1‑45 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTc < 1:3123045/67‑1 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGa > 1:1062483/1‑69 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATa > 1:2600223/1‑71 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATa > 1:327558/1‑71 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGa > 1:4296560/1‑49 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATa > 1:4655608/1‑71 (MQ=255) tttCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCAATAACAGCTGAGAATTTGa > 1:1481482/1‑49 (MQ=255) tGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCAt < 1:2270543/58‑1 (MQ=255) cTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAAGAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGt > 1:32551/1‑70 (MQ=255) cTTAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGt < 1:3460858/70‑1 (MQ=255) ttAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACTGCTGAGAATTTGACCCa < 1:4523474/46‑1 (MQ=39) ttAAAATCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTgaga < 1:864960/36‑1 (MQ=255) aaaaTCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGt < 1:2078541/67‑1 (MQ=255) aaaaTCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCa < 1:2621259/69‑1 (MQ=255) aaaaTCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCAt < 1:4316959/70‑1 (MQ=255) aaaaTCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCAt < 1:410537/70‑1 (MQ=255) aaaTCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCAGAGAATTTGAccc > 1:3231925/1‑42 (MQ=255) aTCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTc < 1:577890/55‑1 (MQ=255) tCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCATAg > 1:92981/1‑68 (MQ=255) tCCTTGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCATAGTTc < 1:4287098/71‑1 (MQ=255) cATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCATAGTTCAt > 1:2584858/1‑71 (MQ=255) | CATCTAAATATTTAAATGAGATAAATGCACTTTTTTATATAACTTTTGGTATTTTTCTGCTTAAAATCCATGCCATTTGTTCATTAACAGCTGAGAATTTGACCCAGGAAAGCATAACTCGATACCCGTCATAGTTCAT > minE/2512604‑2512742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |