BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,513,959	T→C	54.5%	I384T (ATC→ACC)	gltS →	glutamate transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,513,959	0	T	C	54.5%	34.7 / 142.3	111	I384T (ATC→ACC)	gltS	glutamate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/32); new base C (29/31); total (47/64)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01

Only 100 of 116 total aligned reads displayed.

GAACGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAGCGGCGG  >  minE/2513892‑2514029

gAACGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGt                                                                     >  1:2117622/1‑71 (MQ=255)

gAACGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGt                                                                     >  1:3566236/1‑71 (MQ=255)

gAACGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGt                                                                     >  1:4163733/1‑71 (MQ=255)

 aaCGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTc                                                                    <  1:1022409/71‑1 (MQ=255)

 aaCGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCg                                                                      >  1:2255325/1‑69 (MQ=255)

 aaCGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:1048374/71‑1 (MQ=255)

 aaCGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:4173139/71‑1 (MQ=255)

    gCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:639873/68‑1 (MQ=255)

        tGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATAGATATCGTCAATgcgc                                                             >  1:2539836/1‑71 (MQ=255)

        tGGCCCGTCGCACATGGCGTTCCTGGTCGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATgc                                                               <  1:3914664/69‑1 (MQ=255)

         ggCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:1212282/63‑1 (MQ=255)

            ccGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:277413/60‑1 (MQ=255)

              gTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTaa                                                       >  1:1004043/1‑71 (MQ=255)

              gTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTaa                                                       >  1:1029550/1‑71 (MQ=255)

              gTCGCACATGGCGCTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGTGCTGGTaa                                                       <  1:2266904/71‑1 (MQ=255)

               tCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAAt                                                      >  1:1106967/1‑71 (MQ=255)

               tCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAAt                                                      >  1:698914/1‑71 (MQ=255)

                 gCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAAtt                                                     <  1:2672970/70‑1 (MQ=255)

                  cacaTGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTaa                                                   <  1:3167832/71‑1 (MQ=255)

                  cacaTGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:1410930/54‑1 (MQ=255)

                   acaTGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAg                                                  >  1:4536674/1‑71 (MQ=255)

                       ggCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTATTTATCGATATCGTc                                                                    <  1:2649360/49‑1 (MQ=255)

                        gCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTTCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTaa                                                       >  1:4260881/1‑61 (MQ=255)

                        gCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTc                                                                    >  1:1744283/1‑48 (MQ=255)

                        gCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGt                                              <  1:18767/70‑1 (MQ=255)

                           tttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGt                                                         <  1:1901494/56‑1 (MQ=255)

                           tttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:1620326/45‑1 (MQ=255)

                           tttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:513357/45‑1 (MQ=255)

                           tttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:1789926/45‑1 (MQ=255)

                           tttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTc                                                                    <  1:3238668/45‑1 (MQ=255)

                            ttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTg                                               <  1:2710269/65‑1 (MQ=255)

                            ttttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCaa                                                                  >  1:2935877/1‑46 (MQ=255)

                             tttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTaa                                                       >  1:1009347/1‑56 (MQ=255)

                             tttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        >  1:1313427/1‑71 (MQ=255)

                             tttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCaa                                                                  >  1:2738708/1‑45 (MQ=255)

                             tttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        >  1:4066394/1‑71 (MQ=255)

                             tttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        >  1:2285857/1‑71 (MQ=255)

                              ttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTg                                         <  1:4159269/69‑1 (MQ=255)

                              ttGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        <  1:3985408/70‑1 (MQ=255)

                               tggtggTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGAt                                       <  1:894220/70‑1 (MQ=255)

                               tggtggTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGAt                                       <  1:2578154/70‑1 (MQ=255)

                                    gtgCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGcc                                 >  1:3882680/1‑71 (MQ=255)

                                    gtgCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGcc                                 <  1:1988232/71‑1 (MQ=255)

                                    gtgCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGcc                                 >  1:1914377/1‑71 (MQ=255)

                                     tgCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATAGCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGtt                                    <  1:3132444/67‑1 (MQ=255)

                                     ggCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGc                                  <  1:4613771/68‑1 (MQ=255)

                                       ccGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAt                              <  1:1087289/71‑1 (MQ=255)

                                        cGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAt                              >  1:190721/1‑70 (MQ=255)

                                         gATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAg                                                  >  1:1186157/1‑49 (MQ=255)

                                         gATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAttt                            <  1:4682807/71‑1 (MQ=255)

                                          aTGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTAttt                                          <  1:4201018/56‑1 (MQ=255)

                                          aTGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAtttt                           <  1:1939402/71‑1 (MQ=255)

                                           tGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAttttt                          <  1:160611/71‑1 (MQ=255)

                                           tGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTaa                                                       <  1:686855/42‑1 (MQ=255)

                                            ggTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGt                                                 >  1:3139243/1‑47 (MQ=255)

                                            ggTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTg                         >  1:1437631/1‑71 (MQ=255)

                                            ggTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTg                         >  1:620744/1‑71 (MQ=255)

                                             gTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGc                        <  1:4521805/71‑1 (MQ=255)

                                             gTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGc                        >  1:4311369/1‑71 (MQ=255)

                                             gTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGc                        <  1:4558547/71‑1 (MQ=255)

                                             gTCGGTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATg                                      >  1:1007738/1‑57 (MQ=255)

                                              tCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTGATTAAGCTGTATTTGATGTTGc                                  >  1:2969318/1‑60 (MQ=255)

                                                ggTGCGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAttttt                          >  1:592838/1‑66 (MQ=255)

                                                 gTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTAttt                                          <  1:721161/49‑1 (MQ=255)

                                                  tGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTAttt                                          <  1:2481372/48‑1 (MQ=255)

                                                   gCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTAt                                            >  1:304248/1‑45 (MQ=255)

                                                    cGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGtt                                                >  1:1840756/1‑40 (MQ=255)

                                                    cGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGtt                                                >  1:694977/1‑40 (MQ=255)

                                                    cGTTCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGtt                                                >  1:3583842/1‑40 (MQ=255)

                                                     gTTCTTTATCGATTTCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAAc                >  1:1679562/1‑71 (MQ=255)

                                                     gTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGt                                              <  1:1985268/41‑1 (MQ=255)

                                                      ttCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAAc                <  1:4080224/70‑1 (MQ=255)

                                                      ttCTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAg                                                  <  1:2991269/36‑1 (MQ=255)

                                                       tCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        >  1:2495833/1‑45 (MQ=255)

                                                       tCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        >  1:3246253/1‑45 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGtt                   <  1:3021195/65‑1 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGtt                   <  1:1441112/65‑1 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCg              <  1:802214/70‑1 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGa             >  1:1144256/1‑71 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGa             >  1:1381534/1‑71 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGa             >  1:1658507/1‑71 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATg                                      >  1:1617809/1‑46 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGAtt                             >  1:2171015/1‑55 (MQ=255)

                                                        cTTTATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCg              <  1:1009146/70‑1 (MQ=255)

                                                         tttATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        <  1:4573976/43‑1 (MQ=255)

                                                         tttATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        <  1:1552321/43‑1 (MQ=255)

                                                         tttATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGa                                        <  1:2308080/43‑1 (MQ=255)

                                                           tATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATg           <  1:2384659/70‑1 (MQ=255)

                                                           tATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATg           <  1:4154624/70‑1 (MQ=255)

                                                           tATCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATg           <  1:2538489/70‑1 (MQ=255)

                                                            aTCGATACCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGt                                     >  1:2180919/1‑43 (MQ=255)

                                                             tCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGa          <  1:834945/69‑1 (MQ=255)

                                                             tCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGa          <  1:3798722/69‑1 (MQ=255)

                                                             tCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAg        <  1:61951/71‑1 (MQ=255)

                                                             tCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAg        <  1:1455004/71‑1 (MQ=255)

                                                                atatCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGa                               <  1:2109453/45‑1 (MQ=255)

                                                                atacCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAgcgg     <  1:1404660/71‑1 (MQ=255)

                                                                  atCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAgcggcg   >  1:3443678/1‑71 (MQ=255)

                                                                   tCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAgcg      <  1:3435386/67‑1 (MQ=255)

                                                                   tCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAGcggcgg  >  1:1696428/1‑71 (MQ=255)

GAACGCTTTGGCCCGTCGCACATGGCGTTTTTGGTGGTGCCGATGGTCGGTGCGTTCTTTATCGATATCGTCAATGCGCTGGTAATTAAGTTGTATTTGATGTTGCCGATTTTTGCCGGTTAACCGATGAAGCGGCGG  >  minE/2513892‑2514029

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`