| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,288,033:1 | +GT | 100% | coding (1080/1317 nt) | shiA → | shikimate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,288,033 | 1 | . | G | 91.9% | 122.9 / 3.7 | 37 | coding (1080/1317 nt) | shiA | shikimate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (34/0); total (34/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| * | minE | 1,288,033 | 2 | . | T | 91.9% | 112.0 / 4.6 | 37 | coding (1080/1317 nt) | shiA | shikimate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base T (34/0); total (34/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑GTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTA > minE/1288004‑1288080 || aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTgg > 1:2067290/1‑70 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2753471/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:1896023/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2099902/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2123448/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2131563/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2371027/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2390707/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:240497/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2533399/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2607329/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:27453/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:753429/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:276998/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2781948/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2831200/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2836164/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:2840003/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:398015/1‑71 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(MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:1757350/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:173290/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:1135499/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:1176636/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGt > 1:1578206/1‑71 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑gtgtg > 1:1196802/1‑35 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑GTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGc < 1:1840654/71‑1 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑GTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGc < 1:2201940/71‑1 (MQ=255)aTGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑GTGGGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGc < 1:1372773/71‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:536475/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:447251/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:590175/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:73826/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1006717/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1254050/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1002419/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:141072/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:2781221/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:278005/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1519548/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1572800/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:2052302/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:201656/37‑1 (MQ=255) tggtg‑‑gTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAAt < 1:1871621/37‑1 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1397997/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1436189/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1582745/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:498452/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1723054/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:2088234/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1914347/1‑48 (MQ=255) g‑‑gtgTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTa > 1:1886614/1‑48 (MQ=255) || ATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTG‑‑GTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAAATGTTTGGTGCCAGTTA > minE/1288004‑1288080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |