Missing coverage evidence...
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CTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGA  >  minE/1044078‑1044147                                                                      | cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1138597/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:913005/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:826030/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:733918/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:637353/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:537083/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:505635/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:341392/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:324843/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2837630/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2782848/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2682458/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2566412/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2435804/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:2312729/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:203045/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1916789/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1705681/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1677738/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1571433/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1505916/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:14552/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1433574/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1282504/70‑1 (MQ=255) cTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:103082/70‑1 (MQ=255)  tCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:1812039/69‑1 (MQ=255)  tCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGa  <  1:99773/69‑1 (MQ=255)                                                                      | CTCATAAAGGTGAAGAACTTCAGGAAGCGGTAAACGTCGGCATCCGCAGTGTTGATCCAGAACTGGTAGA  >  minE/1044078‑1044147

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑