Missing coverage evidence...
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CATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGG  >  minE/1089018‑1089087                                                                      | cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2014015/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:679498/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:669185/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:510473/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:501103/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:330668/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2824517/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2751548/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2434793/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2327019/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:222295/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2181379/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1104992/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1881661/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1848330/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1786427/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1758887/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1734032/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1732053/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1338916/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1243431/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1223618/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:119977/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1184582/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:1176097/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGGCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2884043/70‑1 (MQ=255) cATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGACATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg  <  1:2656528/70‑1 (MQ=255)                    gccggcggTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGAGCCAgg  <  1:16279/51‑1 (MQ=255)                                                                      | CATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGG  >  minE/1089018‑1089087

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑