Missing coverage evidence...
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ATTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGT  >  minE/1590733‑1590803                                                                       | aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1193110/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:975406/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:922677/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:780824/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:563884/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2879500/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2870978/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2863635/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:244196/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2244535/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2215165/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2055800/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1945731/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1924630/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1878361/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1783354/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1756349/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1705973/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1381954/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1600172/71‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1460988/71‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1901463/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1053526/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1237413/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:921699/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1397783/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1477939/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2544755/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1490050/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2440186/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2379062/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1542200/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2236737/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2233281/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2138179/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1995626/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1903348/70‑1 (MQ=255)  ttGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1868736/70‑1 (MQ=255)                aaaaCGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:1470239/56‑1 (MQ=255)                         catGCGGAAGTAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGt  <  1:2347843/45‑1 (MQ=39)                                                                       | ATTGCGCAGACGGATAAAACGGTGCCTGCGGAAGGAAATTAATCCGCTTTGGGAAGGCATTTACAGGAGGT  >  minE/1590733‑1590803

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑