Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	247452	247472	21	54 [0]	[0] 7	phoR	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB

CGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCA  >  minE/247381‑247451                                                                       | cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2786056/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2199877/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2280008/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2293494/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2297282/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2302133/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2339413/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2444041/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2445588/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2602954/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2620382/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:265395/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2683939/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1253224/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:346103/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:414250/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:436538/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:466119/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:472434/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:491360/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:496382/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:564626/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:889896/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:964782/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:967883/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:214275/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1336870/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1340528/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1352794/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1367837/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1474588/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1523583/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1289483/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:119667/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1540073/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1542051/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1653800/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1668643/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:176703/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1786372/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1981301/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2008566/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2044938/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2076545/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2124737/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTCCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:13089/71‑1 (MQ=255)  gCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCTGAGCa  <  1:826955/70‑1 (MQ=255)  gCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1412410/70‑1 (MQ=255)  gCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1396614/70‑1 (MQ=255)                       gTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATACCGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:999920/49‑1 (MQ=255)                         gCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCTGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:2780942/47‑1 (MQ=255)                             aaTTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:1531410/43‑1 (MQ=255)                               tttAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCa  <  1:568694/41‑1 (MQ=255)                                ttAGCGTTGAAGATAACGGACCGGTCATTGCACCGGAGCa  <  1:2167463/40‑1 (MQ=255)                                                                       | CGCTGGCAGCGAGTGCCGCACGGTGCCGAATTTAGCGTTGAAGATAACGGACCGGGCATTGCACCGGAGCA  >  minE/247381‑247451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑