Missing coverage evidence...
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CCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCGAG  >  minE/349123‑349193                                                                       | ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTTCAACTCGCTTTCgag  <  1:1285979/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2756131/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2282221/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2309623/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1077320/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2393545/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2468110/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2519954/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2671498/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2681049/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2342147/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:376850/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:460234/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:470437/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:513679/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:842654/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:852051/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:95779/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1107369/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1778044/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1756282/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1730943/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1712224/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1600781/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1341064/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1373922/71‑1 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1484116/71‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2891715/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:945850/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1126774/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:316633/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2190323/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2685639/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2500016/70‑1 (MQ=255)  cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2105781/70‑1 (MQ=255)   tATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:854824/69‑1 (MQ=255)      cTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1537834/66‑1 (MQ=255)          ggCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1343242/62‑1 (MQ=255)                       gtcaCAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:1261597/49‑1 (MQ=255)                                     ttGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag  <  1:2102569/35‑1 (MQ=255)                                                                       | CCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCGAG  >  minE/349123‑349193

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑