Missing coverage evidence...
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TCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAAC  >  minE/408357‑408416                                                            | tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACTAGTaacaac  <  1:514915/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:475688/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1033878/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2456079/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2575909/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2708857/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2772400/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2821252/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:287039/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:287135/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:330325/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:465547/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2447417/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:65749/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:744879/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:75640/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:760972/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:865414/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:888497/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:97368/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:992142/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1664772/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:109990/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1135191/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1182639/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1460487/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1487496/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1539404/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1594009/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1611191/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1626126/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2362232/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1668983/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1727654/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1824203/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1851116/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:188221/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2084608/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2223764/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2237739/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2300105/60‑1 (MQ=255) tCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGACAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2586868/60‑1 (MQ=255)     acaacGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:1186081/56‑1 (MQ=255)        acgcacgcAGTGGCGTATGAGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:2864801/53‑1 (MQ=255)                aGTGGCGTATTGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTaacaac  <  1:520808/45‑1 (MQ=255)                                                            | TCAAACAACGCACGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAAC  >  minE/408357‑408416

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑