Missing coverage evidence...
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GATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCA  >  minE/547981‑548051 |                                                                       gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGACCGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2322871/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACgcgcgc                         >  1:2847412/1‑48 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGa     >  1:1852433/1‑68 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGAcaa  >  1:2170909/1‑69 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:404360/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2527278/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2674858/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2808030/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2869618/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:288665/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2891243/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:390509/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2456302/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:438753/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:550235/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:561438/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:574411/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:671202/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:767810/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:78081/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:792285/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:979779/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1855279/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1073462/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1081846/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1449579/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1483333/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1714499/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:181074/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1834866/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2466903/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1915882/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:216593/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:220976/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2246155/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2317671/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:237894/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:2437291/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCa  >  1:1057025/1‑71 (MQ=255) gATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTAAGGACCa  >  1:1175121/1‑71 (MQ=255) |                                                                       GATCTGCAACCGGACAGCGGCACCGTAAAATGGTCTGAGAACGCGCGCATTGGTTACTATGCTCAGGACCA  >  minE/547981‑548051

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑