Missing coverage evidence...
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CCCGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGCCC  >  minE/552105‑552174 |                                                                      cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2739047/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2341094/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2363643/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2366361/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:244425/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2465349/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2541768/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2624907/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2683576/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2725926/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2735931/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2317789/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2908509/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:310727/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:515663/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:663571/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:688742/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:844532/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:848664/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:961140/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:988084/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1774414/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1097233/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1182775/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1396512/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1534186/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1574405/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1604137/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1620232/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:16791/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1693316/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1760308/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1038530/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1862576/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:1943526/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2023249/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2029486/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2167600/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2275953/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2315205/70‑1 (MQ=255) cccGCCTTCCAGCACCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2274222/70‑1 (MQ=255) cccGACTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGccc  <  1:2045846/70‑1 (MQ=255) |                                                                      CCCGCCTTCCAGCGCCGCCAGCATCACGCGGGCGAAGTTGATAAAGCTCATGCCGGTACAGCGATAGCCC  >  minE/552105‑552174

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑