Missing coverage evidence...
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AGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTC  >  minE/1031932‑1032002 |                                                                       aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:120002/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:555381/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:478153/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:465253/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:421365/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:361985/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:356758/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2837143/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2793857/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2679094/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2647337/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2166791/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2017574/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:2010258/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1880534/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1971092/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1793985/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1231408/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1374130/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1393547/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1757649/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1533478/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGt   >  1:1605054/1‑70 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:985897/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:1170945/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:1579303/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2891127/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2809176/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:1683571/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2731164/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2336227/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2265577/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2184459/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTc  <  1:2053577/71‑1 (MQ=255) aGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCCCATGTc  <  1:177812/71‑1 (MQ=255) |                                                                       AGGGGCGCATGGAAGGTTTTGCTCGCATAACCATACCCAATCAACCCAACACGGATGTTGTCGCTCATGTC  >  minE/1031932‑1032002

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑