Missing coverage evidence...
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TTGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATTA  >  minE/1096338‑1096378 |                                         ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:486311/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2518442/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2540598/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2558982/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2571070/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2623382/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2762044/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2762637/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2857338/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:435572/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2499243/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:622210/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:660426/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:686607/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:751230/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:760773/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:773378/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:864803/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:912074/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1854039/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:12137/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1435650/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1454416/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1459693/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1572370/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1659065/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1714681/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1762600/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1838774/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1095282/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1875581/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1911535/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:1958896/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2024653/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2205672/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2301302/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2319283/41‑1 (MQ=255) ttGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATta  <  1:2394783/41‑1 (MQ=255) |                                         TTGAACGACGCCGGGTGCCTGGGAAATCTGTGGAATCATTA  >  minE/1096338‑1096378

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑