Missing coverage evidence...
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CCAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGA  >  minE/1297678‑1297721 |                                            ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2532218/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:73779/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:732183/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:726805/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:702610/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:68431/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:623812/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:560660/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:37273/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2918482/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2730852/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2594504/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2553518/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:107770/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2488163/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2450478/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2372454/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2291084/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2290903/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2146076/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2135273/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:2096988/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:1958443/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:1808110/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:157188/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:1131798/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:1091001/44‑1 (MQ=255) ccAACAGGTTTGAGTAACAAGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGa  <  1:691838/44‑1 (MQ=255) |                                            CCAACAGGTTTGAGTAACCCGTCAATATGCCGTTGTGCACGCGA  >  minE/1297678‑1297721

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑