Missing coverage evidence...
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TTTGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACA  >  minE/1611393‑1611441 |                                                 ttttCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:289755/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCTATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1622163/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2286568/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:892178/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:701242/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:619959/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:545808/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:530994/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:516821/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:292438/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2782027/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2622923/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2541685/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1116839/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2098670/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2090665/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:2090068/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1949653/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1728981/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1723829/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:159973/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1547714/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1392051/49‑1 (MQ=255) tttGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGcaca  <  1:1210343/49‑1 (MQ=255) |                                                 TTTGCGGGTAAAGGCAATGTCGTCCACGCTGGTTTCATCGCTCAGCACA  >  minE/1611393‑1611441

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑