Missing coverage evidence...
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GCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGG  >  minE/1823687‑1823757 |                                                                       gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCAt                           >  1:495884/1‑46 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACt        >  1:1054950/1‑65 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2694516/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:10178/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2221184/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2350480/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2380886/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2456903/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2523055/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2579075/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2616601/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2657620/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:217549/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2865767/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2890236/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2912925/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:729639/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:916793/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:945734/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:96228/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1645142/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1018178/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1225701/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1231529/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1276447/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1318883/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1405709/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1519448/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1609318/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2070106/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1709825/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1764051/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:186585/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1867621/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1936614/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1953118/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:1965072/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTgg  >  1:2056450/1‑71 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTg   >  1:2251917/1‑70 (MQ=255) gctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACAGGCGGCATTGTCACCGGATGCGTAACTCCGTgg  >  1:2909008/1‑71 (MQ=255) |                                                                       GCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGG  >  minE/1823687‑1823757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑