Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 353,513 | T→A | 100% | intergenic (‑1/‑173) | ppiB ← / → cysS | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B/cysteinyl‑tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 353,513 | 0 | T | A | 86.5% | 201.6 / 22.5 | 74 | intergenic (‑1/‑173) | ppiB/cysS | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B/cysteinyl‑tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/0); new base A (64/0); total (74/0) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTGTTA > minE/353486‑353577 | gCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCgg > 1:980183/1‑71 (MQ=255) gCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCgg > 1:2305932/1‑71 (MQ=255) gCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCgg > 1:2698343/1‑71 (MQ=255) gCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCgg > 1:739089/1‑71 (MQ=255) gCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATACTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTAgg > 1:2916527/1‑71 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTTTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTc > 1:774556/1‑69 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTc > 1:581812/1‑37 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGtt > 1:2735501/1‑63 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGt > 1:2675823/1‑62 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGt > 1:474873/1‑68 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2458937/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:956397/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2671128/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2626050/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:255805/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2549951/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2475374/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2733434/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2434102/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2398035/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2382762/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2325491/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:105851/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2725517/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2731456/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:852482/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2829655/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2842022/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2888839/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2891055/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:420123/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:464167/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:64917/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:716647/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:85452/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:79301/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1368890/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1758754/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2247899/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1739432/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1725805/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:160761/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1591525/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1582894/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1504850/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1751510/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1278142/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1258142/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1217991/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1165076/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1099113/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1064469/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1059835/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:105776/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1873552/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2235141/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2185171/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2165652/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2138889/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:212049/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:211785/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2043988/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:2025393/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:201176/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1993173/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1964464/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1889500/1‑70 (MQ=255) gATTGGTGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:1877288/1‑70 (MQ=255) gATTGGAGTGGAAAGTAACCATATTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCa > 1:5053/1‑70 (MQ=255) ggTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCatata > 1:2213277/1‑70 (MQ=255) ggTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCatata > 1:881680/1‑70 (MQ=255) ggTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCatata > 1:234168/1‑70 (MQ=255) aaCCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTGTta > 1:458995/1‑71 (MQ=255) aaCCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTGTta > 1:1833130/1‑71 (MQ=255) | GCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTGTTA > minE/353486‑353577 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |