Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	538,506	C→T	100%	R394C (CGT→TGT)	rhlE →	RNA helicase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	538,506	0	C	T	100.0%	87.2 / NA	27	R394C (CGT→TGT)	rhlE	RNA helicase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (27/0);  total (27/0)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

GGTCGCCAGCAACGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCAA  >  minE/538494‑538553             |                                                ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:2172093/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:981911/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:792566/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:6253/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:552926/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:381642/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:338518/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:333410/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:310318/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:287847/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:2532825/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:2274130/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:2182480/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1026280/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:196485/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1964101/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1853488/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1819026/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1753530/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1663586/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1648667/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1637040/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1307192/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1228137/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1151582/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCaa  >  1:1057535/1‑60 (MQ=255) ggTCGCCAGCAATGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCa   >  1:2848320/1‑59 (MQ=255)             |                                                GGTCGCCAGCAACGTGGCGGCGGCGGTCGTGGGCAAGGTGGTGGTCGCGGTCAACAGCAA  >  minE/538494‑538553

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑