| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,598,488 | C→T | 39.9% | A60A (GCG→GCA) | yfeT ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,598,488 | 0 | C | T | 39.9% | 229.9 / inf | 278 | A60A (GCG→GCA) | yfeT | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/52); new base T (50/61); total (165/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTG > minE/1598441‑1598553 | gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:2301976/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:1991898/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:1143262/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:365714/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:239162/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:2216505/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:1575703/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 1:1551629/71‑1 (MQ=255)gCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAttt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |