| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,410,753 | T→C | 30.7% | F8S (TTT→TCT) | hemY → | predicted protoheme IX synthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,410,753 | 0 | T | C | 30.7% | 217.3 / 133.1 | 150 | F8S (TTT→TCT) | hemY | predicted protoheme IX synthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (98/6); new base C (30/16); total (128/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
ACCGCAAGCTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGATTGCGGGGATCGTGGTTGGCCCGATGATTGCCGGCCATCAGGGTTATGTGCTGATCC > minE/2410686‑2410821 | accGCAAGCTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGGTAAAAGTGTTATTGCTCTTtgt < 1:2107593/71‑1 (MQ=255)accGCAAGCTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTtgt < 1:2224039/71‑1 (MQ=255)accGCAAGCTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTtgt < 1:592275/71‑1 (MQ=255) cTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGa > 1:1868895/1‑71 (MQ=255) cTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGa > 1:646165/1‑71 (MQ=255) cTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGa > 1:2319751/1‑71 (MQ=255) gcgccgcAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCttt > 1:878220/1‑44 (MQ=255) gcgccgcAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGATTGCGGGGATCGTGGtt > 1:2576389/1‑71 (MQ=255) gcgccgcAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGATTGCGGGGATCGTGGtt > 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tttGTGTTGCTGATTGCGGGGATCGTGGTTGGCCCGATGATTGCCGGCCATCAGGGTTATGTGCTGATc > 1:399402/1‑69 (MQ=255) | ACCGCAAGCTGATACTCCGGCAGCCGCGCCGCAAGGAGAATAACCATGCTAAAAGTGTTATTGCTCTTTGTGTTGCTGATTGCGGGGATCGTGGTTGGCCCGATGATTGCCGGCCATCAGGGTTATGTGCTGATCC > minE/2410686‑2410821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |