| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 311,985 | A→G | 100% | G296G (GGT→GGC) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 311,985 | 0 | A | G | 80.7% | 143.4 / 27.4 | 62 | G296G (GGT→GGC) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/0); new base G (22/28); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCGAT > minE/311948‑312041 | cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1114029/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:345390/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:2524111/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:627920/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:2139485/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:2114782/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:2100015/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:675985/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:2021069/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1962443/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1907420/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:745837/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1834133/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1804037/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:155949/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1222539/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:126191/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:819957/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1536517/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1570423/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:166598/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGc > 1:1990039/1‑70 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:73929/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:1851575/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:325896/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:605652/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc > 1:43466/1‑71 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGc > 1:682919/1‑70 (MQ=255)cAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGc > 1:368916/1‑70 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGGTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1559935/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2914248/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:962563/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:788932/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:556695/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:582610/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:668155/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:924405/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:894709/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:794600/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2847599/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1349851/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1434812/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1586481/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1842902/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1934343/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2047508/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2388175/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2482920/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2640928/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2730626/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2770638/70‑1 (MQ=255) aGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2782038/70‑1 (MQ=255) gCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1874866/69‑1 (MQ=255) gCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1688883/69‑1 (MQ=255) gCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:871348/69‑1 (MQ=255) gCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:1030662/69‑1 (MQ=255) cGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTg > 1:2262224/1‑71 (MQ=255) tCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCgat > 1:262112/1‑71 (MQ=255) tCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCgat > 1:789229/1‑71 (MQ=255) tCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCgat > 1:2885450/1‑71 (MQ=255) tCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCgat > 1:1303099/1‑71 (MQ=255) cgTTTGCGCCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGcc < 1:2488913/41‑1 (MQ=255) | CAGCACGGATTGCCGCAGCGGTATCCAGCGCGTTTGCACCGGTCGCCAGCTTGATCCCCAGACCGGAAGCCGGTTGGCCGTTAAACTCTGCGAT > minE/311948‑312041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |