| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,937,934 | T→C | 6.6% | intergenic (+61/‑208) | leuX → / → yjhV | tRNA‑Leu/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,937,934 | 0 | T | C | 6.6% | 154.3 / 3.2 | 60 | intergenic (+61/‑208) | leuX/yjhV | tRNA‑Leu/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/28); new base C (2/2); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCACCAAAAGTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGTTGG > minE/2937866‑2938002 | cGGCACCAAAAGTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTtatcta > 1:905589/1‑70 (MQ=255) ggCACCAAAAGTATGTAAAAAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTtatctat < 1:781196/70‑1 (MQ=255) aaaGTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTccc > 1:1220819/1‑70 (MQ=255) aGTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGc > 1:925377/1‑70 (MQ=255) gTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCta < 1:1911673/71‑1 (MQ=255) gTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCta > 1:774116/1‑71 (MQ=255) gTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCta < 1:858207/71‑1 (MQ=255) tATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGc < 1:168735/68‑1 (MQ=255) tATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGc < 1:429131/68‑1 (MQ=255) aaTAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAAc > 1:2197936/1‑71 (MQ=255) gACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCg < 1:1118729/57‑1 (MQ=255) ccTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACtctctc < 1:166060/71‑1 (MQ=255) ccTCAACTGACGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTTTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACtctctc < 1:1180623/71‑1 (MQ=255) cTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCa < 1:451008/71‑1 (MQ=255) tCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTccc < 1:212931/52‑1 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTatctatct > 1:537480/1‑45 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAgg > 1:142520/1‑71 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAgg > 1:624176/1‑71 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAgg > 1:1293979/1‑71 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAg > 1:1359509/1‑70 (MQ=255) aaCTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCCATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAgg > 1:1164793/1‑71 (MQ=255) ggTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAAcc < 1:1356461/71‑1 (MQ=255) ggTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAAcc < 1:1628181/71‑1 (MQ=255) tCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCCATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGa < 1:41191/71‑1 (MQ=255) tttttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCg < 1:1053069/41‑1 (MQ=255) tttttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCta < 1:649091/44‑1 (MQ=255) tttttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGa < 1:1869715/69‑1 (MQ=255) tttttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCCATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGata > 1:1046006/1‑71 (MQ=255) ttttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAActct < 1:870119/53‑1 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCtata > 1:2187316/1‑44 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTaa > 1:7131/1‑48 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCaa > 1:331057/1‑63 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCaa > 1:572725/1‑63 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAAcc > 1:1683462/1‑65 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:519216/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:36388/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:576488/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:593228/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:991271/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:2207618/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:2044944/1‑70 (MQ=255) tttttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTCCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGatat > 1:2018861/1‑70 (MQ=255) tttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGata > 1:1086429/1‑67 (MQ=255) tttATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGata > 1:1278458/1‑67 (MQ=255) aTGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACg < 1:544801/70‑1 (MQ=255) aTGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACg < 1:1707371/70‑1 (MQ=255) tGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGt > 1:2042650/1‑70 (MQ=255) cgAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATc < 1:1025568/70‑1 (MQ=255) aaaTCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCt < 1:893575/70‑1 (MQ=255) aaaTCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTa > 1:133777/1‑71 (MQ=255) aaaTCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTa > 1:687095/1‑71 (MQ=255) tCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCa < 1:1705986/71‑1 (MQ=255) tCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCa < 1:1217915/71‑1 (MQ=255) ccAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCa > 1:713346/1‑70 (MQ=255) gtgtTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACat < 1:1351361/71‑1 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCaa < 1:256548/51‑1 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAAc > 1:488088/1‑52 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTAc < 1:901786/56‑1 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATg < 1:440282/71‑1 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATg < 1:1183511/71‑1 (MQ=255) tttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATg < 1:1493628/71‑1 (MQ=255) tttATCCATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACatat < 1:1265823/70‑1 (MQ=255) ttATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATg < 1:686513/70‑1 (MQ=255) tatctatcTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACatat > 1:1333443/1‑68 (MQ=255) tatctatcTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGtt > 1:1140947/1‑71 (MQ=255) tatctatcTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGt < 1:2153340/70‑1 (MQ=255) atctatctTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGtt < 1:1360016/70‑1 (MQ=255) ctatctTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGTTgg > 1:87001/1‑70 (MQ=255) ctatctTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGTTgg > 1:1514773/1‑70 (MQ=255) tatctTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGTTgg > 1:878183/1‑69 (MQ=255) | CGGCACCAAAAGTATGTAAATAGACCTCAACTGAGGTCTTTTTTTATGCCTGAAATCCAGTGTTTATCTATCTTTCCCGCTATATTAACTCTCTCAAGGTCAACCGATATCAACGTACATCTACCAACATATGTTGG > minE/2937866‑2938002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |