| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,971,396 | T→C | 13.9% | V71A (GTG→GCG) | serB → | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,971,396 | 0 | T | C | 13.9% | 93.6 / 10.9 | 44 | V71A (GTG→GCG) | serB | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (3/3); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
TAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACG > minE/2971328‑2971461 | tAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:990284/1‑70 (MQ=255)tAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:1637164/1‑70 (MQ=255) aacaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGaa < 1:665071/71‑1 (MQ=255) acaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGa > 1:896859/1‑69 (MQ=255) acaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAg < 1:588761/71‑1 (MQ=255) caacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTgg > 1:915142/1‑67 (MQ=255) cGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTa < 1:2034078/71‑1 (MQ=255) gTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:20557/1‑71 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:1423374/1‑68 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:959341/1‑71 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:561565/1‑71 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGt < 1:1837701/71‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTg < 1:319795/71‑1 (MQ=255) aaTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:2010541/1‑62 (MQ=255) aTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGa < 1:678389/68‑1 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:2151314/71‑1 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:2084331/71‑1 (MQ=255) aCCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGt > 1:1083486/1‑71 (MQ=255) agagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTg > 1:1211964/1‑71 (MQ=255) gagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTgg > 1:928804/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCt < 1:235895/66‑1 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGt > 1:1037600/1‑57 (MQ=255) aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:18562/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:46095/71‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:472727/71‑1 (MQ=255) gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1175742/71‑1 (MQ=255) gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1907522/71‑1 (MQ=255) gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1800098/71‑1 (MQ=255) gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:901747/71‑1 (MQ=255) cggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTTGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactcac < 1:2099171/70‑1 (MQ=255) gcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGa < 1:1822818/35‑1 (MQ=255) gcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGa < 1:816842/35‑1 (MQ=255) aTGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactca > 1:645775/1‑64 (MQ=255) gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac > 1:17924/1‑58 (MQ=255) gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac > 1:970589/1‑58 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactca < 1:560817/60‑1 (MQ=255) gATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCAAGGGCTa > 1:1654835/1‑71 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGGGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1548259/70‑1 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGa > 1:91991/1‑36 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:778508/69‑1 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGt < 1:2100991/41‑1 (MQ=255) ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGcc > 1:2055320/1‑71 (MQ=255) ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGcc > 1:2000236/1‑71 (MQ=255) gTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACg < 1:1933337/71‑1 (MQ=255) | TAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACG > minE/2971328‑2971461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |