| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 374,214 | G→A | 25.0% | G355D (GGT→GAT) | fepE → | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 374,214 | 0 | G | A | 25.0% | 80.5 / 25.6 | 44 | G355D (GGT→GAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/17); new base A (5/6); total (21/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAG > minE/374144‑374279 | aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:2068290/1‑71 (MQ=255) aaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggtg > 1:704879/1‑71 (MQ=255) gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt < 1:1125662/71‑1 (MQ=255) aCGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg > 1:2081518/1‑71 (MQ=255) aCGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg > 1:733972/1‑71 (MQ=255) cGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGc > 1:1625623/1‑71 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 1:1663950/1‑71 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGAGTGCTGTTgcgc > 1:1245405/1‑71 (MQ=255) tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcgc > 1:130500/1‑70 (MQ=255) ggCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATg > 1:2140062/1‑71 (MQ=255) gCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1250003/71‑1 (MQ=255) cGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGGGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:482570/70‑1 (MQ=255) tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGCCGTGCTGTTGCGCt > 1:1852263/1‑62 (MQ=255) ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1664776/66‑1 (MQ=255) ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:967559/66‑1 (MQ=255) ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGc < 1:1306948/70‑1 (MQ=255) gtgATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc > 1:970078/1‑49 (MQ=255) gtgATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc > 1:1942563/1‑49 (MQ=255) aTCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 1:1756726/1‑68 (MQ=255) ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa > 1:695028/1‑70 (MQ=255) cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:799326/46‑1 (MQ=255) cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGAt > 1:2122479/1‑59 (MQ=255) tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1925630/57‑1 (MQ=255) tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1925480/57‑1 (MQ=255) tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1812145/57‑1 (MQ=255) tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTg > 1:1497473/1‑42 (MQ=255) tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTg > 1:899376/1‑42 (MQ=255) tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAc < 1:1897616/70‑1 (MQ=255) cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGGGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:2211991/70‑1 (MQ=255) cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:606837/70‑1 (MQ=255) cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:1058768/70‑1 (MQ=255) gTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:787224/43‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:752363/63‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:1103777/63‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:1830221/66‑1 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc > 1:527141/1‑45 (MQ=255) ggcggGATGGTGGCTTGTGATGGCTTGCTGTTGCGCTATGc < 1:255716/41‑1 (MQ=38) gcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg < 1:913768/71‑1 (MQ=255) aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGc > 1:1562259/1‑68 (MQ=255) aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGc > 1:1146277/1‑68 (MQ=255) gtggCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGAcc < 1:252041/70‑1 (MQ=255) gtggCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGAcc < 1:847930/70‑1 (MQ=255) gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCGAGaa < 1:1048835/43‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:513292/1‑71 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:1929948/1‑71 (MQ=255) ttGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:1210830/1‑71 (MQ=255) ggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg > 1:1320389/1‑42 (MQ=255) | AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAG > minE/374144‑374279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |