| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 598,845 | C→T | 15.1% | I396I (ATC→ATT) | dmsA → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 598,845 | 0 | C | T | 15.1% | 84.5 / 7.1 | 33 | I396I (ATC→ATT) | dmsA | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/15); new base T (2/3); total (15/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAACAGCGG > minE/598787‑598913 | ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc < 1:1969543/70‑1 (MQ=255) ggCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAAccc > 1:2089209/1‑59 (MQ=255) ggCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAAccc > 1:1888970/1‑59 (MQ=255) gTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:968919/71‑1 (MQ=255) tttATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGc < 1:1979036/59‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGc < 1:133946/70‑1 (MQ=255) gCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAAc < 1:587311/71‑1 (MQ=255) gCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAAc < 1:1732685/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg > 1:1825882/1‑71 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGAtt > 1:952404/1‑54 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGAtt > 1:2194384/1‑54 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGAtt > 1:1494320/1‑54 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg < 1:1041136/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg < 1:2058393/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg < 1:1847238/71‑1 (MQ=255) cGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAt < 1:675636/71‑1 (MQ=255) cGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAt > 1:2129583/1‑71 (MQ=255) tCACTCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGTCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTa < 1:1949964/71‑1 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:1708826/41‑1 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAtt > 1:1906812/1‑70 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAtt > 1:177980/1‑70 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTa < 1:802040/71‑1 (MQ=255) aCGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTaa > 1:1252294/1‑70 (MQ=255) aCGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAAc > 1:1259289/1‑71 (MQ=255) tAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAg > 1:388484/1‑71 (MQ=255) tAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAg > 1:811388/1‑71 (MQ=255) tAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAg > 1:1206291/1‑71 (MQ=255) aCGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGc < 1:198324/71‑1 (MQ=255) ggTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCaa < 1:2075281/71‑1 (MQ=255) gTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAAc < 1:1025377/71‑1 (MQ=255) gTGAAATCGCAACACGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAAc < 1:1275524/71‑1 (MQ=255) tGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTa < 1:934558/59‑1 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAACAgcgg > 1:1746830/1‑71 (MQ=255) | CCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAACAGCGG > minE/598787‑598913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |