| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,132,803 | G→A | 28.8% | intergenic (+119/‑38) | arpB → / → yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,132,803 | 0 | G | A | 28.8% | 81.0 / 37.9 | 52 | intergenic (+119/‑38) | arpB/yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/16); new base A (7/8); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
ACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTA > minE/1132742‑1132865 | aCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTg > 1:107206/1‑71 (MQ=255) cAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGt < 1:1751586/71‑1 (MQ=255) tGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTa > 1:171196/1‑70 (MQ=255) tGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTa > 1:1499448/1‑70 (MQ=255) tgtgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCg > 1:731129/1‑71 (MQ=255) tgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGt > 1:340910/1‑70 (MQ=255) gCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:1748348/70‑1 (MQ=255) ccccccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGca > 1:1632762/4‑70 (MQ=255) ccACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGca > 1:1727042/1‑70 (MQ=255) ccACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGca > 1:1134744/1‑70 (MQ=255) cccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAag < 1:1725784/71‑1 (MQ=255) ccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTa < 1:1219747/49‑1 (MQ=255) ccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAaga < 1:1986956/71‑1 (MQ=255) ccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTa < 1:369064/49‑1 (MQ=255) ccGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAaga < 1:1537868/71‑1 (MQ=255) cGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTaca > 1:1463218/1‑50 (MQ=255) cGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAagag < 1:1960431/71‑1 (MQ=255) gACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACaa > 1:2115366/1‑67 (MQ=255) aCGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:133238/55‑1 (MQ=255) aCGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:1711833/55‑1 (MQ=255) aCGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAgaga < 1:1353999/70‑1 (MQ=255) ggCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGatat < 1:1442994/71‑1 (MQ=255) tGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAcgag < 1:1360201/64‑1 (MQ=255) gTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAgaga < 1:1643780/64‑1 (MQ=255) taataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAg > 1:1758994/1‑70 (MQ=255) aataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGt < 1:1578390/46‑1 (MQ=255) aataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGt < 1:1401876/46‑1 (MQ=255) aataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:1322874/1‑64 (MQ=255) aataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:911587/1‑64 (MQ=255) ataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:1776175/1‑63 (MQ=255) ataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGa > 1:2080407/1‑70 (MQ=255) ataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGa < 1:81151/70‑1 (MQ=255) ataaCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGa < 1:955724/70‑1 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCCTTTGTTACACTCCGTTAt < 1:1990231/47‑1 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGcac < 1:975142/54‑1 (MQ=255) aaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGacac > 1:2125819/1‑71 (MQ=255) aaCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGt > 1:255704/1‑43 (MQ=255) cAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTg > 1:782457/1‑71 (MQ=255) aaaaaTCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTgg > 1:1224715/1‑70 (MQ=255) aaaaaTCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCa > 1:1244252/1‑44 (MQ=255) aaaaTCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGt > 1:1843340/1‑70 (MQ=255) aTCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGcaca < 1:164466/46‑1 (MQ=255) aTCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGc > 1:521450/1‑71 (MQ=255) cccTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGcc > 1:700632/1‑70 (MQ=255) ccTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGGGATATGCAGGACACTGGTATGCCg < 1:10626/70‑1 (MQ=255) gATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGc > 1:1338977/1‑49 (MQ=255) gATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGc > 1:1734934/1‑49 (MQ=255) gATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGc > 1:2009277/1‑49 (MQ=255) gATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTa < 1:728519/70‑1 (MQ=255) tGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGcc < 1:1519943/63‑1 (MQ=255) tGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGacac > 1:1621914/1‑50 (MQ=255) tGTCCCTTTTGTTACACTCAGTTATCACGCACAagag > 1:203204/1‑37 (MQ=255) | ACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTA > minE/1132742‑1132865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |