| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,224,676 | T→C | 15.5% | F180L (TTT→CTT) | yebU → | predicted methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,224,676 | 0 | T | C | 15.5% | 95.0 / 12.1 | 45 | F180L (TTT→CTT) | yebU | predicted methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/18); new base C (4/3); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTG > minE/1224610‑1224744 | ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTg < 1:385961/70‑1 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:946138/1‑71 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:347036/1‑71 (MQ=255) cATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGtt < 1:528674/65‑1 (MQ=255) cATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGc > 1:1322747/1‑71 (MQ=255) tatCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:982007/56‑1 (MQ=255) tatCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:809789/56‑1 (MQ=255) tatCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTg < 1:282298/62‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2041091/1‑69 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGa < 1:374857/71‑1 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGa < 1:2138620/71‑1 (MQ=255) gTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa < 1:78366/70‑1 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATTGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGa < 1:1900726/58‑1 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGaaa < 1:407742/60‑1 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGaaa < 1:51281/60‑1 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGa < 1:176597/58‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt < 1:2134182/71‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt < 1:345797/71‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt > 1:2044485/1‑71 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt < 1:1968567/71‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt > 1:967750/1‑71 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt > 1:1935026/1‑71 (MQ=255) tAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAttt < 1:745175/71‑1 (MQ=255) aTGTGGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTGCGATGCCATTTTg < 1:312921/71‑1 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg > 1:1866953/1‑71 (MQ=255) gcgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTgg < 1:345264/70‑1 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:1834391/1‑60 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:313797/1‑66 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:1596242/1‑66 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGAcaga > 1:551359/1‑67 (MQ=255) cacacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTc > 1:1029651/1‑71 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTcc < 1:2041844/71‑1 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTcc > 1:471022/1‑71 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTccc > 1:103255/1‑70 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGc < 1:2043265/58‑1 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:600626/1‑71 (MQ=255) aTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTc < 1:1411689/66‑1 (MQ=255) aTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTc < 1:1368490/66‑1 (MQ=255) tttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctc > 1:618336/1‑71 (MQ=255) tttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCTGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctc > 1:86396/1‑71 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctct > 1:1716045/1‑71 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1129188/1‑43 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctct > 1:542177/1‑71 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctc < 1:1662571/70‑1 (MQ=255) gATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTgg > 1:479005/1‑71 (MQ=255) aTGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGc > 1:1805690/1‑71 (MQ=255) gcgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctc > 1:237444/1‑61 (MQ=255) gcgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGc < 1:251832/71‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:688542/71‑1 (MQ=255) tgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgtg > 1:1524047/1‑71 (MQ=255) tttGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCt > 1:355050/1‑52 (MQ=255) | TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTG > minE/1224610‑1224744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |