| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,496,561 | C→T | 57.6% | M327I (ATG→ATA) | nuoF ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,496,561 | 0 | C | T | 57.6% | 9.9 / 39.4 | 33 | M327I (ATG→ATA) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/4); new base T (10/9); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGA > minE/1496496‑1496624 | tCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGcc < 1:185581/66‑1 (MQ=255) aaaaaCTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGcc < 1:1808693/57‑1 (MQ=255) aaCTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTAcc > 1:1355985/1‑71 (MQ=255) tCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGcc < 1:597107/48‑1 (MQ=255) tCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGcc < 1:1299098/48‑1 (MQ=255) ccAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACgg > 1:1173710/1‑71 (MQ=255) ccAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACgg > 1:259349/1‑71 (MQ=255) aGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATTGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCt < 1:2074990/71‑1 (MQ=255) aGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCt < 1:1678903/71‑1 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGccc > 1:35092/1‑71 (MQ=255) aCGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCg > 1:133005/1‑71 (MQ=255) aCGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCg > 1:187882/1‑71 (MQ=255) cGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa < 1:144725/71‑1 (MQ=255) cGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa < 1:2093259/71‑1 (MQ=255) acCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa < 1:36809/67‑1 (MQ=255) acCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACt > 1:726515/1‑71 (MQ=255) cATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATAc > 1:876639/1‑68 (MQ=255) cATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATAc > 1:106841/1‑68 (MQ=255) cATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACttt > 1:1200320/1‑71 (MQ=255) tGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCa < 1:1224281/42‑1 (MQ=255) tGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCg < 1:1450795/71‑1 (MQ=255) tGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCg < 1:222872/71‑1 (MQ=255) tGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:2207561/40‑1 (MQ=255) tGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:1125903/1‑70 (MQ=255) ttGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGaa > 1:363253/1‑71 (MQ=255) ttGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTa > 1:34171/1‑36 (MQ=255) ttGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTa > 1:1246575/1‑36 (MQ=255) ttGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATAc > 1:2108411/1‑64 (MQ=255) ttGAGCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc > 1:192908/1‑38 (MQ=255) tGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:396081/1‑41 (MQ=255) ctcATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa > 1:1058106/1‑56 (MQ=255) cATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTAGAATTCCATc > 1:1619071/1‑71 (MQ=255) atcgTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGATTTcc < 1:341808/64‑1 (MQ=255) tGGTCATCCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCgg < 1:139228/71‑1 (MQ=255) tGGTCATCAGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCgg < 1:1352096/71‑1 (MQ=255) aaCCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGa < 1:412262/70‑1 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCAt > 1:2148589/1‑59 (MQ=255) | TCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGA > minE/1496496‑1496624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |