| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,798,695 | A→G | 11.5% | Q239R (CAA→CGA) | proV → | glycine betaine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,798,695 | 0 | A | G | 11.5% | 127.6 / 10.3 | 52 | Q239R (CAA→CGA) | proV | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/23); new base G (4/2); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
ACCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTC > minE/1798628‑1798762 | aCCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCaaaa < 1:427164/71‑1 (MQ=255) cATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATg < 1:1515658/71‑1 (MQ=255) gTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTg > 1:56519/1‑70 (MQ=255) gTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTg > 1:709360/1‑70 (MQ=255) gTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTg > 1:1644228/1‑70 (MQ=255) tCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGaa < 1:685523/71‑1 (MQ=255) tCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGaa < 1:1775610/71‑1 (MQ=255) tATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCACGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTgg > 1:71684/1‑71 (MQ=255) tttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTgg < 1:2072901/69‑1 (MQ=255) tttCCCACGATCTTGAAGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATgg < 1:2174638/61‑1 (MQ=255) tCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTa > 1:1236929/1‑69 (MQ=255) tCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTa > 1:357791/1‑69 (MQ=255) tCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTa > 1:1830607/1‑69 (MQ=255) tCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTAc < 1:1964429/70‑1 (MQ=255) ccACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAg < 1:2128744/70‑1 (MQ=255) aCGATCTTGATGAAGCCATTCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTc < 1:2107676/71‑1 (MQ=255) aCGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTc < 1:773592/71‑1 (MQ=255) tCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTg > 1:1828014/1‑53 (MQ=255) cTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCTATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGca > 1:2002901/1‑70 (MQ=255) gatgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:394176/65‑1 (MQ=255) gatgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCacac < 1:2144737/70‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCg < 1:1541961/71‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCg < 1:2113342/71‑1 (MQ=255) tgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:1887928/63‑1 (MQ=255) gaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTg < 1:164902/51‑1 (MQ=255) gaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTg < 1:204250/51‑1 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGa < 1:1796900/71‑1 (MQ=255) cATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCgaaa > 1:151657/1‑36 (MQ=255) cATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCgaaa > 1:1524200/1‑36 (MQ=255) aTGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAt < 1:1879549/71‑1 (MQ=255) tGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAtt > 1:1315404/1‑71 (MQ=255) tGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAtt > 1:1312941/1‑71 (MQ=255) tGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAtt > 1:965359/1‑71 (MQ=255) gCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTAc > 1:965112/1‑47 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATtc < 1:1473557/70‑1 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGaa > 1:753101/1‑39 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATtct > 1:959515/1‑71 (MQ=255) gTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATtc < 1:604164/69‑1 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGaa > 1:1924367/1‑35 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:862788/1‑36 (MQ=255) ggCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaata < 1:129645/70‑1 (MQ=255) ggCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaata < 1:664299/70‑1 (MQ=255) cGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACTGGTCGGCACACCGGATGAATTTCTCAATAATCCgg > 1:1835977/1‑70 (MQ=255) cGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGc > 1:689202/1‑71 (MQ=255) cGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGc > 1:91579/1‑71 (MQ=255) cGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGG‑ACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGc > 1:1305100/1‑70 (MQ=255) ttGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGca > 1:1646612/1‑39 (MQ=255) ttGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAAt > 1:1368484/1‑71 (MQ=255) ccATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGa < 1:987372/70‑1 (MQ=255) cATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAAt < 1:1481257/67‑1 (MQ=255) ttATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCg < 1:185301/62‑1 (MQ=255) ttATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTAt > 1:982448/1‑71 (MQ=255) aTGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTa > 1:693867/1‑68 (MQ=255) aTGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTa > 1:16602/1‑68 (MQ=255) tGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTc > 1:2152830/1‑71 (MQ=255) | ACCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTC > minE/1798628‑1798762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |