| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,803,598 | T→C | 12.5% | N30N (AAT→AAC) | ygaH → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,803,598 | 0 | T | C | 12.5% | 72.7 / 5.2 | 32 | N30N (AAT→AAC) | ygaH | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/15); new base C (2/2); total (15/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
TGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCT > minE/1803532‑1803667 | tGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgccc > 1:1821565/1‑71 (MQ=255) cTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAt < 1:1759140/60‑1 (MQ=255) gTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacca > 1:286974/1‑70 (MQ=255) ggcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACg > 1:987640/1‑71 (MQ=255) gcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACg < 1:390718/70‑1 (MQ=255) gcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACg < 1:1544525/70‑1 (MQ=255) gAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacca < 1:769558/59‑1 (MQ=255) gAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacca < 1:349826/59‑1 (MQ=255) gAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCgg < 1:1372606/71‑1 (MQ=255) gAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCgg < 1:603238/71‑1 (MQ=255) ttattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCaaa > 1:857473/1‑58 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtagg > 1:383214/1‑70 (MQ=255) ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGt < 1:1442251/58‑1 (MQ=255) ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGt < 1:1468776/58‑1 (MQ=255) tATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGa > 1:872821/1‑71 (MQ=255) tttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCg < 1:279850/68‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGacac > 1:1172340/1‑70 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGacac > 1:1096091/1‑70 (MQ=255) ccGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCAt < 1:876471/71‑1 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGt < 1:1284788/39‑1 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCa < 1:865319/67‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGCCACCATTGGCa > 1:230503/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:1756395/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:1624095/1‑71 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCa > 1:216128/1‑64 (MQ=255) cTGCGTGTGGTTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCa < 1:1504574/61‑1 (MQ=255) cGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGcc < 1:1222015/69‑1 (MQ=255) cGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTc < 1:1431216/71‑1 (MQ=255) cGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTc < 1:1286976/71‑1 (MQ=255) tgGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGa < 1:224155/69‑1 (MQ=255) ggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATg > 1:30626/1‑71 (MQ=255) tAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATgcg > 1:1396125/1‑71 (MQ=255) aTGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGct > 1:807149/1‑71 (MQ=255) | TGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCT > minE/1803532‑1803667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |