| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 216,053 | T→C | 11.6% | intergenic (+222/‑106) | aspV → / → yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 216,053 | 0 | T | C | 11.6% | 164.1 / 14.7 | 69 | intergenic (+222/‑106) | aspV/yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/32); new base C (3/5); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ATGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215984‑216123 | atGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat < 1:42396/70‑1 (MQ=255)atGATATAGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat < 1:1763353/70‑1 (MQ=255) atatCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCa < 1:2024196/71‑1 (MQ=255) tCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAAt > 1:845339/1‑71 (MQ=255) aCCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAt < 1:1277291/71‑1 (MQ=255) cATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAttt < 1:2114150/71‑1 (MQ=255) aTTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAtttt < 1:19396/71‑1 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAttt > 1:1560963/1‑67 (MQ=255) aGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATtttgtt < 1:1798814/70‑1 (MQ=255) cTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTttgtttgt < 1:1647584/71‑1 (MQ=255) cTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTttgtttgt > 1:1338319/1‑71 (MQ=255) ttAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTttgtttgt > 1:1672350/1‑70 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:1182545/1‑71 (MQ=255) atatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTattatt > 1:1072156/1‑71 (MQ=255) tatTTCTAGAGAATAAATTTATTTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1775666/71‑1 (MQ=255) tatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:188848/71‑1 (MQ=255) atTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt > 1:927733/1‑70 (MQ=255) atTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:60412/1‑64 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttatta > 1:1788988/1‑66 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:1546889/70‑1 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:2129556/70‑1 (MQ=255) tCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGt > 1:1737106/1‑71 (MQ=255) cTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGt < 1:1656/70‑1 (MQ=255) cTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGt < 1:958287/70‑1 (MQ=255) gagaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:357462/1‑57 (MQ=255) gagaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:337036/1‑57 (MQ=255) gagaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAgg < 1:1897960/71‑1 (MQ=255) gagaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAgg < 1:1299580/71‑1 (MQ=255) aaTAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTc < 1:510402/35‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:1678947/71‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:384801/71‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:1170334/71‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtata > 1:444750/1‑70 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAAt > 1:1098889/1‑71 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAAt < 1:1737839/71‑1 (MQ=255) tttATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:305053/1‑56 (MQ=255) ttATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAAt > 1:718019/1‑69 (MQ=255) ttATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAAt > 1:565518/1‑69 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:1025840/1‑46 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:678247/1‑46 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:47678/70‑1 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:1632863/70‑1 (MQ=255) tatTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTagag < 1:1357381/71‑1 (MQ=255) ttGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:330310/61‑1 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTcc < 1:95015/70‑1 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCg > 1:594378/1‑71 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCg > 1:576845/1‑71 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAg > 1:1772546/1‑49 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAg > 1:1287131/1‑49 (MQ=255) aTTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:1655626/63‑1 (MQ=255) aTTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:932042/63‑1 (MQ=255) aTTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGt < 1:896060/71‑1 (MQ=255) ttAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTTAGGTATATAATTAGAGTCCGt > 1:253812/1‑70 (MQ=255) tAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa > 1:911589/1‑71 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa > 1:434066/1‑70 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTAt > 1:1999834/1‑71 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTAt > 1:1091155/1‑71 (MQ=255) atgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1336536/40‑1 (MQ=255) aatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAg > 1:2017881/1‑40 (MQ=255) aatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAg > 1:1410279/1‑40 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1252105/35‑1 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1655356/35‑1 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatata < 1:572231/49‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:779469/46‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:1948785/46‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:623245/46‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:1739882/1‑48 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:1700163/63‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa > 1:977787/1‑65 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTa < 1:2099243/70‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTa < 1:2061005/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:55931/1‑49 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:201966/1‑49 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:1455907/1‑49 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAat < 1:878612/71‑1 (MQ=255) atTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCa < 1:1525995/61‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGt < 1:1931263/55‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAatat > 1:1908417/1‑71 (MQ=255) | ATGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215984‑216123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |