| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,975,134 | A→G | 7.4% | intergenic (+280/‑144) | metK → / → galP | methionine adenosyltransferase 1/D‑galactose transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,975,134 | 0 | A | G | 7.4% | 206.0 / 8.2 | 81 | intergenic (+280/‑144) | metK/galP | methionine adenosyltransferase 1/D‑galactose transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/39); new base G (4/2); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATG > minE/1975066‑1975200 | acaGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACt > 1:1250537/1‑71 (MQ=255) aGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTc > 1:647916/1‑70 (MQ=255) tgttACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATaa > 1:1049829/1‑64 (MQ=255) gttACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAatta > 1:1689288/1‑71 (MQ=255) gttACATTTCTTTTAAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAatta > 1:721519/1‑71 (MQ=255) cATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt < 1:259289/71‑1 (MQ=255) cATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAttt < 1:481234/70‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAatta > 1:1421608/1‑66 (MQ=255) aTTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTc < 1:1205168/71‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTc < 1:122570/71‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTc < 1:2207630/71‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTc < 1:2010067/71‑1 (MQ=255) tCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATg > 1:674393/1‑71 (MQ=255) cTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATATATGATGATATAACTCAATTATTTTCATg < 1:763722/70‑1 (MQ=255) ttttCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt < 1:2199084/65‑1 (MQ=255) tCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACt > 1:1093151/1‑70 (MQ=255) aGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTa < 1:1673146/70‑1 (MQ=255) aGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTa < 1:1892699/70‑1 (MQ=255) aGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTa < 1:1387980/70‑1 (MQ=255) tAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAAt < 1:2127581/71‑1 (MQ=255) aaGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCa > 1:1645757/1‑71 (MQ=255) aGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCAt < 1:532475/71‑1 (MQ=255) tCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt < 1:436664/53‑1 (MQ=255) cTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCa > 1:1270472/1‑54 (MQ=255) ttAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAAc > 1:2199717/1‑70 (MQ=255) aaTTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCACTTaa > 1:80766/1‑60 (MQ=255) aaTTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCACTTaa > 1:289611/1‑60 (MQ=255) aaTTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt > 1:930252/1‑49 (MQ=255) aaTTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAAc > 1:1326396/1‑68 (MQ=255) aaTTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTa < 1:520970/70‑1 (MQ=255) ttGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAg < 1:72681/70‑1 (MQ=255) ttGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAg < 1:1524803/70‑1 (MQ=255) tGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATaa > 1:1568535/1‑64 (MQ=255) tGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTAAATTATTTTCATGCACTTAAATCATaa > 1:1917486/1‑64 (MQ=255) gCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATTCACTTAAATCATAACTAAGAt > 1:1692465/1‑70 (MQ=255) gCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGa > 1:489768/1‑69 (MQ=255) cAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAAATCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATa < 1:640839/70‑1 (MQ=255) gATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAAt < 1:1202365/71‑1 (MQ=255) aaCAGCGTTTAATCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCAc > 1:314862/1‑46 (MQ=255) aaCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCa > 1:575697/1‑41 (MQ=255) aaCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGt > 1:1301625/1‑70 (MQ=255) aaCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGt > 1:975963/1‑70 (MQ=255) aaCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGt > 1:386820/1‑70 (MQ=255) aCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt > 1:899946/1‑38 (MQ=255) aCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAtttt > 1:2033253/1‑38 (MQ=255) aCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTAttt > 1:509386/1‑37 (MQ=255) aCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:2084055/70‑1 (MQ=255) aCAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:1559743/70‑1 (MQ=255) aGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTaaa < 1:1248638/48‑1 (MQ=255) tAATCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc > 1:659672/1‑71 (MQ=255) tAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc > 1:115085/1‑71 (MQ=255) aaTCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc < 1:1417386/70‑1 (MQ=255) aaTCTATGATGATATAGCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc < 1:1455580/70‑1 (MQ=255) aaTCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc < 1:2136158/70‑1 (MQ=255) aaTCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGc < 1:402146/70‑1 (MQ=255) tCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTa > 1:1612733/1‑60 (MQ=255) tCTATGATGATATAACTCAATTATTTTAATGCACTTaaa > 1:135157/1‑39 (MQ=255) tATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAgt > 1:1506026/1‑60 (MQ=255) tATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTaa > 1:1141101/1‑64 (MQ=255) tATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa > 1:1764371/1‑71 (MQ=255) tATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa > 1:741566/1‑71 (MQ=255) atgatgATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:1776765/56‑1 (MQ=255) atgatgATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:1628920/56‑1 (MQ=255) atgatgATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa > 1:1675276/1‑70 (MQ=255) tgatgaTATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCAt < 1:2170460/39‑1 (MQ=255) tgatgaTATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCAt < 1:1104147/39‑1 (MQ=255) tgatgaTATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGAt < 1:1286661/67‑1 (MQ=255) tgatgaTATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGAt < 1:421603/67‑1 (MQ=255) tgatgaTATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTaca > 1:1041579/1‑71 (MQ=255) atgatATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa < 1:2098955/67‑1 (MQ=255) atatAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTa < 1:1548909/51‑1 (MQ=255) atatAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGa < 1:1707213/70‑1 (MQ=255) atatAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGa > 1:427761/1‑70 (MQ=255) atatAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGAt > 1:381800/1‑71 (MQ=255) tataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATaa > 1:1596598/1‑44 (MQ=255) ataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:1666209/48‑1 (MQ=255) ataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:1143382/48‑1 (MQ=255) ataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGtt < 1:2208895/48‑1 (MQ=255) ataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGt < 1:1455183/47‑1 (MQ=255) ataAATCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTGAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGAtg > 1:1551224/1‑70 (MQ=255) taACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGAt < 1:639546/59‑1 (MQ=255) taACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGAt < 1:1552945/59‑1 (MQ=255) aCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAgtg < 1:2079952/49‑1 (MQ=255) aCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTaca > 1:1667830/1‑61 (MQ=255) aCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa > 1:835692/1‑59 (MQ=255) aCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTa > 1:1131110/1‑59 (MQ=255) | ACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATG > minE/1975066‑1975200 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |