Missing coverage evidence...
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ACCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGAA  >  minE/2339697‑2339765                                                                     | aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:341504/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:86881/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:86292/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:605094/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:591006/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:562741/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:531490/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:481736/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:479820/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:478741/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:477971/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:468874/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:389357/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:375599/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:353935/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:102624/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:330359/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:328221/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:319241/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:292385/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:280687/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:272683/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:271705/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:263318/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:173382/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:15504/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:143649/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:141618/1‑69 (MQ=255) aCCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGaa  >  1:131410/1‑69 (MQ=255)                                                                     | ACCGTTCAGCGCAGAAGCGTAAACGATCGGGAAGTCCAGCTGCTCGTCGGTCGCGTCGAGGTTAACGAA  >  minE/2339697‑2339765

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑