Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2540113	2540134	22	21 [0]	[0] 46	rfaJ	UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase

AAAATGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAT  >  minE/2540042‑2540112                                                                       | aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:396128/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:648203/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:625022/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:620429/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:550976/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:544045/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:423446/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:10074/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:381726/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:354979/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:287792/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:240361/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:201813/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:197662/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:164980/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:157538/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:129388/71‑1 (MQ=255) aaaaTCGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:562256/71‑1 (MQ=255)          tGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:514577/62‑1 (MQ=255)              gCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:475810/58‑1 (MQ=255)                        cAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAt  <  1:600334/48‑1 (MQ=255)                                                                       | AAAATGGGCTGACGCAAAACTAACAGAAAAAGCGTTGTCTATTCTTATGAGTAAAGATAATGTTTATAAAT  >  minE/2540042‑2540112

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑