Missing coverage evidence...
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GGTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGA  >  minE/2743787‑2743857                                                                       | ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:140038/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:583445/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:546332/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:503177/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:502322/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:454702/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:405460/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:372168/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:356698/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:347570/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:34640/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:344869/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:338623/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:289014/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:264150/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:2563/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:224496/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:174452/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:151110/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:150423/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:142378/71‑1 (MQ=255) ggTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:111569/71‑1 (MQ=255)  gtgtTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:214377/70‑1 (MQ=255)  gtgtTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:432454/70‑1 (MQ=255)  gtgtTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:476051/70‑1 (MQ=255)  gtgtTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:497705/70‑1 (MQ=255)  gtgtTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:653927/70‑1 (MQ=255)                      cGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:236447/50‑1 (MQ=255)                        atatGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGa  <  1:336829/48‑1 (MQ=255)                                                                       | GGTGTTATAATGCCGCGCCCTCGATATGGGGATTTTTAACGACCTGATTTTCGGGTCTCAGTAGTAGTTGA  >  minE/2743787‑2743857

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑