Missing coverage evidence...
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CAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGT  >  minE/2879872‑2879940                                                                     | cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:531646/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:440429/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:462604/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:463890/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:467933/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:468831/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:479108/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:483593/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:488905/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:497159/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:142441/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:542396/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:553004/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:56117/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:591635/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:60280/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:628889/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:65732/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:7826/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:376052/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:147273/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:163125/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:168533/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:195442/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:204088/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:214739/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:250015/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:257630/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:257820/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:306773/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:321885/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:323502/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:36004/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:375628/69‑1 (MQ=255) cAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:432902/69‑1 (MQ=255)  aaTGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:269734/68‑1 (MQ=255)  aaTGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:550770/68‑1 (MQ=255)  aaTGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:68633/68‑1 (MQ=255)  aaTGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:79687/68‑1 (MQ=255)                     tCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:36020/49‑1 (MQ=255)                               ccgccgCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:10275/39‑1 (MQ=255)                                  ccgcGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGt  <  1:604484/36‑1 (MQ=255)                                                                     | CAATGACCTCAACATCCAGTTCTTTACGTGCCGCCGCGCGCGCCAGCGTCTGCTTACCGCCACAGCAGT  >  minE/2879872‑2879940

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑